[发明专利]一种秋茄DNA指纹图谱的构建及应用

权利要求书

1.一种秋茄InDel分子标记的引物，其特征在于，所述引物为14对引物：第1对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.2所示；第2对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.4所示；第3对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.6所示；第4对引物，上游引物序列如SEQID.NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.8所示；第5对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.10所示；第6对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.12所示；第7对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.14所示；第8对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.16所示；第9对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.18所示；第10对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID.NO.20所示；第11对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.21所示，下游引物序列如SEQID.NO.22所示；第12对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.23所示，下游引物序列如SEQID.NO.24所示；第13对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.25所示，下游引物序列如SEQID.NO.26所示；第14对引物，上游引物序列如SEQ ID.NO.27所示，下游引物序列如SEQID.NO.28所示。

2.一种鉴定秋茄品种的试剂盒，其特征在于：包含权利要求1所述的InDel分子标记引物。

3.一种构建权利要求1所述引物的方法，包括如下步骤：收集秋茄基因组的信息，然后判断缺失或插入位点是否为InDel标记，根据判断后确认的InDel标记构建特异性引物；其中，所述判断方法包括采用如下的算法：假设有两条序列S＝″AATCGTTA″，T＝″ATCGA″，规定打分规则为1、match＝6；2、mismatch＝-2；3、gap_open＝-6；4、gap_extend＝-3；对于序列S上i位置与序列T上j位置的比对得分设为：

1)初始化

构造(|S|+1)×(|T|+1)阶矩阵V，设置初始条件为：

V(i，0)＝0，0≤i≤|S|

V(0，j)＝0，0≤j≤|T|

2)填充

填充规则如下：

其中表示该元素的值来源于上方领域的元素，表示该元素的值来源于左边领域的元素，这两种形式表示有空位的插入，V(i，j)有三种来源：V(i-1，j-1)、V(i-1，j)、V(i，j-1)；

3)回溯

从V(|S|，|T|)开始回溯过程，追溯其到前驱元素之间的路径(对角、垂直或水平方向)，到V(0，0)为止，得到序列最优全局比对的路径。

4.一种判断秋茄InDel标记的方法，包括采用如下的算法：假设有两条序列S＝″AATCGTTA″，T＝″ATCGA″，规定打分规则为1、match＝6；2、mismatch＝-2；3、gap_open＝-6；4、gap_extend＝-3；对于序列S上i位置与序列T上j位置的比对得分设为：

1)初始化

构造(|S|+1)×(|T|+1)阶矩阵V，设置初始条件为：

V(i，0)＝0，0≤i≤|S|

V(0，j)＝0，0≤j≤|T|

2)填充

填充规则如下：

其中表示该元素的值来源于上方领域的元素，表示该元素的值来源于左边领域的元素，这两种形式表示有空位的插入，V(i，j)有三种来源：V(i-1，j-1)、V(i-1，j)、V(i，j-1)；

3)回溯

从V(|S|，|T|)开始回溯过程，追溯其到前驱元素之间的路径(对角、垂直或水平方向)，到V(0，0)为止，得到序列最优全局比对的路径。