[发明专利]水稻镉低积累分子标记、突变型基因、检测试剂盒及其快速鉴定方法和应用、分型引物

权利要求书

1.一种水稻镉低积累分子标记，所述水稻镉低积累分子标记为水稻基因组上的一段核苷酸序列，其特征在于，所述水稻镉低积累分子标记为Indel标记，该Indel标记与水稻籽粒镉低积累性状显著相关，且该核苷酸序列以日本晴水稻的基因组为参考基因组，其包含位于第7号染色体8871643-8878905bp区间反义链上的一段碱基序列，且该碱基序列中在位于第7号染色体的8874101-8874103的位置有CTG三个碱基的缺失。

2.根据权利要求1所述的水稻镉低积累分子标记，其特征在于，所述水稻镉低积累分子标记的CTG三个碱基的缺失存在于OsNramp5基因的内含子区域。

3.根据权利要求1所述的水稻镉低积累分子标记，其特征在于，所述水稻镉低积累分子标记通过辐射诱变创制的镉低积累突变体获得。

4.根据权利要求1、2或3所述的水稻镉低积累分子标记，其特征在于，所述水稻镉低积累分子标记包含如SEQ ID No.7所示的核苷酸序列。

5.根据权利要求4所述的水稻镉低积累分子标记，其特征在于，所述水稻镉低积累分子标记通过如下的引物对LC1-F和LC1-R扩增得到：

LC1-F：5’-CATCAGGTTCCGAAGCCACTTC-3’；

LC1-R：5’-GATAAATCATCATCATGTCGCGTTG-3’。

6.一种水稻R001-OsNramp5突变型基因，其特征在于，所述水稻R001-OsNramp5突变型基因的序列以日本晴水稻第7号染色体的OsNramp5基因序列为基础序列，在基础序列上包含有以下碱基缺失段，即：

在上述OsNramp5基因序列的第10号内含子区域末端的8874101-8874103的位置有CTG三个碱基缺失；

所述水稻R001-OsNramp5突变型基因的CDS区包含有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。

7.一种水稻R001-OsNramp5突变型基因，其特征在于，所述水稻R001-OsNramp5突变型基因编码的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。

8.一种用于扩增权利要求1～5中任一项所述水稻镉低积累分子标记或用于权利要求6或7所述水稻R001-OsNramp5突变型基因分型的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括以下引物对LC1-F和LC1-R：

LC1-F：5’-CATCAGGTTCCGAAGCCACTTC-3’；

LC1-R：5’-GATAAATCATCATCATGTCGCGTTG-3’。

9.根据权利要求8所述的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒还包括2X PCRMaster Mix(Thermo Scientific)和ddH₂O；所述2X PCR Master Mix与含LC1-F/LC1-R溶液的体积比控制在20～30∶1，所述ddH₂O与含LC1-F/LC1-R溶液的体积比控制在18～28∶1。

10.一种利用权利要求8或9所述检测试剂盒对水稻R001-OsNramp5突变型基因分型的快速鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)以含水稻R001-OsNramp5突变型基因的镉低积累突变体R001为供体，与非镉低积累水稻做杂交，获得杂交F1代，F1代继续自交得到F2分离群体或者F1代再与其他水稻材料复交得到复交后代分离群体；

(2)在所述F2或者复交后代分离群体中，收取单株叶片，分单株提取DNA，利用所述检测试剂盒进行扩增反应，得到扩增产物；

(3)通过凝胶电泳鉴定所述扩增产物的长度，若只含有一个100bp的纯合条带或同时含有两个条带、大小分别为100bp和97bp的杂合条带则鉴定为镉高积累植株；若只含有一个97bp的纯合条带则鉴定为镉低积累植株。