[发明专利]一种用于油莎豆基因分型的SNP分子标记组合及其应用

说明书

本发明涉及分子生物学和分子植物育种领域，尤其涉及一种用于油莎豆基因分型的SNP分子标记组合及其应用。所述分子标记为1292个SNP标记中的至少一个，其信息如表1所述。利用本发明提供的SNP分子标记组合可以对油莎豆种质资源和品种进行基因型鉴定，也可以用于油莎豆育种材料遗传背景分析、农艺性状关联分析及全基因组选择育种，具有较好的应用前景。

技术领域

本发明涉及分子生物学和分子植物育种领域，尤其涉及一种用于油莎豆基因分型的SNP分子标记组合及其应用。

背景技术

油莎豆(Cyperus esculentusL.)是一种生态高值、粮油饲兼用，极具竞争力的新型油料作物。目前国内种植的油莎豆多为上世纪六、七十年代从国外引进的品种资源。由于广泛引种繁育，油莎豆原有遗传基础已无法准确溯源，种质资源匮乏且混乱，严重制约了我国油莎豆产业的健康快速发展。当前生产上对油莎豆种质资源的鉴别主要是通过块茎形状、大小和颜色等表型方面的差异进行区分，准确度和可信度较差，难以进行准确鉴定和纯度分析。同时作物外观性状易受到环境因素的影响，在实际操作过程中也常常会导致鉴别错误。油莎豆形态特征的相似性和溯源不清，给准确鉴别和合理利用油莎豆资源，特别是油莎豆品种选育和品种权保护等造成极大的困难。进一步厘清国内油莎豆资源现状，加快油莎豆种质资源利用及优良品种选育已成为我国油莎豆产业发展中急需解决的关键问题。

与传统形态或生化标记鉴定方法不同，分子标记技术(如RAPD、RFLP、SSR、ALFP、SRAP、SNP等)能够从本质上反应生物个体的差异，具有受环境影响小、检测特异性、稳定性和准确性强等诸多优势，已广泛应用于生物多样性分析、种质资源或品种分类、遗传图谱构建、分子标记辅助选择育种、比较基因组学等领域的研究。由于油莎豆全基因组序列目前尚未公布，已有的研究主要是利用随机设计的RAPD或SRAP引物进行检测，扩增片段特异性和稳定性较差，且不同分子标记间数据整合存在困难，因而并没有获得广泛的应用。与其他分子标记相比，SNP标记(Single Nucleotide Polymorphisms，单核苷酸多态性)具有覆盖全基因组、高通量、位点特异、共显性遗传、误检率低、数据易整合等优点，且部分标记与功能基因或植物表型相关，被国际新品种保护联盟作为首选的DNA指纹标记技术之一。特别是随着测序技术的飞速发展，高通量、低成本测序技术为全基因组水平SNP标记的检测提供了强有力的技术支持。现有技术并未发现采用SNP标记手段对油莎豆种质资源鉴定的方案。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于油莎豆基因分型的SNP分子标记组合及其应用。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种用于油莎豆基因分型的SNP分子标记组合，所述分子标记组合至少包括1292个SNP标记中的一个，所述1292个SNP标记如表1所示：

表1 1292个SNP标记