[发明专利]一种核心岩藻糖鉴定方法、系统、设备、介质及终端在审
申请号: | 202111235011.4 | 申请日: | 2021-10-22 |
公开(公告)号: | CN114171130A | 公开(公告)日: | 2022-03-11 |
发明(设计)人: | 张军英;苏远杰;刘继源;孙士生 | 申请(专利权)人: | 西安电子科技大学 |
主分类号: | G16C20/20 | 分类号: | G16C20/20;G16C20/70;G01N30/72 |
代理公司: | 西安长和专利代理有限公司 61227 | 代理人: | 肖志娟 |
地址: | 710071 陕西省*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 核心 岩藻糖 鉴定 方法 系统 设备 介质 终端 | ||
1.一种核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,所述核心岩藻糖鉴定方法包括以下步骤:
步骤一,引入特征离子;
步骤二,数据预处理;
步骤三,模型训练;
步骤四,阈值计算;
步骤五,核心岩藻糖鉴定。
2.如权利要求1所述核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,步骤一中,所述引入特征离子,包括:
五糖核心是N-糖包含的固有结构,即理论上核心岩藻糖碎裂后产生的Y离子均包括10种离子,称为岩藻糖鉴定的特征离子,而岩藻糖迁移到五糖核心部分产生的Y离子的质量与这10种特征离子的质量不同。
3.如权利要求1所述核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,步骤二中,所述数据预处理,包括:
去除FUT8的小鼠组织中不存在核心岩藻糖;对这些组织的质谱数据进行归一化处理,即将质谱数据上每一Y离子的丰度与所有离子的丰度之和相除,获得归一化的质谱数据:
将所述归一化质谱数据的所述10个特征离子的相对丰度作为训练数据。
4.如权利要求1所述核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,步骤三中,所述模型训练,包括:
训练非核心岩藻糖自编码器;所述非核心岩藻糖自编码器是一个7层人工神经网络,输入层和输出层都包含10个人工神经元,隐藏层从左至右分别包含9个人工神经元、8个人工神经元、7个人工神经元、8个人工神经元和9个人工神经元,相邻两层的人工神经元之间是全连接;其中,所述人工神经元的激活函数使用tanh函数,神经网络的梯度下降训练方法使用的是Adam算法,学习速率设置为0.0001,最大迭代次数为1000,容忍误差为0.0000001。
5.如权利要求1所述核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,步骤四中,所述阈值计算,包括:
记非核心岩藻糖质谱图归一化后的数据集为X={x(1),x(2),x(3),…x(N)},自编码器为fφ·gθ,计算数据集X中x(i)的重构误差,记为
阈值α的计算为:
α=μ+k·σ;
其中,μ为的平均值,σ为的标准差,k为用户参数。
6.如权利要求1所述核心岩藻糖鉴定方法,其特征在于,步骤五中所述核心岩藻糖鉴定,包括:
记待鉴定质谱数据经归一化的数据集为Y={y(1),y(2),y(3),…y(M)},计算数据集Y中y(i)的重构误差,记为
若则将第i张待鉴定的质谱图鉴定为核心岩藻糖;若则将第i张待鉴定的质谱图鉴定为非核心岩藻糖。
7.一种应用如权利要求1~6任意一项所述核心岩藻糖鉴定方法的核心岩藻糖鉴定系统,其特征在于,所述核心岩藻糖鉴定系统包括:
特征离子引入模块,用于引入岩藻糖鉴定的特征离子;
数据预处理模块,用于去除FUT8的小鼠组织中不存在的核心岩藻糖,并对所述质谱数据进行归一化处理;
模型训练模块,用于训练非核心岩藻糖自编码器;
阈值计算模块,用于计算数据集X中x(i)的重构误差均值和方差,进而确定阈值;
核心岩藻糖鉴定模块,用于通过计算数据集Y中y(i)的重构误差,进行核心岩藻糖的鉴定。
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