[发明专利]一种用于预测头颈部鳞状细胞癌免疫亚型的预测系统

权利要求书

1.一种用于对头颈部鳞状细胞癌免疫亚型进行分型的系统，其特征在于：所述免疫亚型为中间型、免疫激活型或免疫荒漠型；三种免疫亚型的免疫浸润程度按照免疫激活型、中间型和免疫荒漠型的顺序依次降低；

所述系统按照如下方法将头颈部鳞状细胞癌的免疫亚型进行分型：

1)头颈鳞癌特异性免疫相关基因筛选：基于泛癌中代表免疫细胞亚群的相关基因，进行头颈鳞癌肿瘤组织和癌旁组织间基因差异性分析，获得头颈鳞癌特异性免疫相关基因；

2)分型：以上述头颈鳞癌特异性免疫相关基因对应的RNA-seq和体细胞突变数据作为分型依据，采用R语言iclusterplus包进行多组学聚类分析，将患者分为三个亚型。

2.根据权利要求1所述的预测系统，其特征在于：步骤2)中，所述分型的过程中参数设置要为：maxiter＝2000，sdev＝0.05，eps＝1.0e-4。

3.一种用于预测头颈部鳞状细胞癌免疫亚型的预测系统，其特征在于：所述免疫亚型为中间型、免疫激活型或免疫荒漠型；三种免疫亚型的免疫浸润程度按照免疫激活型、中间型和免疫荒漠型的顺序依次降低；

所述预测系统包括以下部分：

输入模块，用于输入头颈部鳞状细胞癌患者的头颈部鳞状细胞癌病理图像数据；

预测模块，所述预测模块内置神经网络模型，用于根据头颈部鳞状细胞癌病理图像数据计算免疫亚型预测结果；

输出模块，用于输出头颈部鳞状细胞癌患者的免疫亚型预测结果：中间型、免疫激活型或免疫荒漠型。

4.根据权利要求3所述的预测系统，其特征在于：所述中间型、免疫激活型和免疫荒漠型的分型标准是对头颈部鳞状细胞癌按照如下方法进行划分得到：

1)头颈鳞癌特异性免疫相关基因筛选：基于泛癌中代表免疫细胞亚群的相关基因，进行头颈鳞癌肿瘤组织和癌旁组织间基因差异性分析，获得头颈鳞癌特异性免疫相关基因；

2)分型：以上述头颈鳞癌特异性免疫相关基因对应的RNA-seq和体细胞突变数据作为分型依据，采用R语言iclusterplus包进行多组学聚类分析，将患者分为三个亚型。

5.根据权利要求4所述的预测系统，其特征在于：步骤2)中，所述分型的过程中参数设置要为：maxiter＝2000，sdev＝0.05，eps＝1.0e-4。

6.根据权利要求3所述的预测系统，其特征在于：所述头颈部鳞状细胞癌病理图像数据是切割后的像素大小为224×224的图块。

7.根据权利要求3所述的预测系统，其特征在于：预测模块中，所述神经网络模型为EfficientNets模型。

8.根据权利要求7所述的预测系统，其特征在于：预测模块中，所述EfficientNets模型的网络构架包括：2D卷积层Conv2D1，批标准化层BN1，7个限制层，2D卷积层Conv2D2，批标准化层BN2，全局池化层GAP，损失层和全连接层。