[发明专利]辣椒八氢番茄红素合成酶基因的单核苷酸突变及KASP特异性引物和应用

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及辣椒八氢番茄红素合成酶基因的单核苷酸突变及KASP特异性引物和应用。本发明的辣椒Psy1基因SNP突变位点KASP标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，SEQ ID No.1所示序列的第21位碱基为A或T。本发明不需等到辣椒果实生理成熟后确认果实颜色，只是在苗期对辣椒植株的DNA检测，就可以判断该辣椒材料成熟果实颜色，可以广泛应用于分子标记辅助育种。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及辣椒八氢番茄红素合成酶基因的单核苷酸突变及KASP特异性引物和应用。

背景技术

辣椒生理成熟果实常见的有红色、黄色和橙色等多种颜色。研究表明，3个独立遗传的基因位点Y，C1和C2决定辣椒果实红色、黄色、橙色等颜色。辣椒果实红色(Y)对黄色或橙色(y)为显性，由于红色果实主要含有辣椒红素和辣椒玉红素两种红色素，Y位点被认为是控制辣椒素和辣椒玉红素合成的基因位点。连锁分析发现辣椒红素和辣椒玉红素合成酶基因Ccs(capsanthin-capsorubin synthase)与Y共分离，从而认为Ccs为Y的编码基因；八氢番茄红素合成酶基因Psy(phytoene synthase)与C2共分离，为C2候选基因。

Ccs编码辣椒红素合成酶，是辣椒红果基因，且对辣椒黄果和橙果为显性遗传，黄果或橙果辣椒不含Ccs或因基因序列变异而失去功能。据报道，辣椒黄果中Ccs基因的突变有3'端的缺失；移码突变造成转录的提前终止；转录起始位点下游单碱基(C/G)突变导致形成提前终止密码子。另外，β-胡萝卜素羟化酶2(β-CHY2，β-CAROTENEHYDROXYLASE2)基因第709位碱基发生突变，也导致了果实颜色的变化。

辣椒八氢番茄红素合成酶基因Psy的转录和翻译参与调控相关色素合成，影响辣椒果实颜色。沉默Psy基因后，辣椒红素明显降低，而且其合成底物β-胡萝卜素、β-隐黄质或玉米黄素也表现不同程度的降低，辣椒果实由红色变为黄色或橙色。辣椒成熟果实的颜色，一般要等到辣椒果实生理成熟后才能判断。利用控制辣椒成熟果实颜色的Ccs或Psy基因的标记，可以实现在苗期对辣椒植株的分子标记检测，判断该辣椒材料成熟果实颜色，并应用于分子标记辅助育种。

发明内容

本发明的目的在于提供辣椒PSY1基因新的SNP标记。

本发明的再一目的在于提供上述SNP标记的KASP特异性引物。

本发明的再一目的在于提供本发明的再一目的在于提供上述SNP标记的应用。

本发明的再一目的在于提供筛选辣椒成熟果实颜色(红色与橙色)的方法。

本发明的再一目的在于提供用于筛选辣椒成熟果实颜色(红色与橙色)的检测试剂盒。

根据保发明具体实施方式的辣椒成熟果实红色与橙色相关SNP标记，所述SNP标记Co4-1的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。

SEQ ID No.1

CCATACGCATTCCTTCAATC[A/T]TATCTCTGAATGGCTGCAACATAT

根据本发明具体实施方式的辣椒成熟果实红色与橙色相关SNP标记的KASP特异性引物，所述Co4-1引物序列如下：

前引物A1:5′-CCATACGCATTCCTTCAATCA-3′，

前引物A2:5′-CCATACGCATTCCTTCAATCT-3′，

后引物:5′-ATATGTTGCAGCCATTCAGAGATA-3′。

根据本发明具体实施方式的KASP特异性引物，所述前引物A1的5’端加有FAM荧光标签序列，所述前引物A2的5’端加有HEX荧光标签序列。