[发明专利]一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法和系统

权利要求书

1.一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述方法包括：

对环境样本的宏基因组DNA进行提取和测序建库，获得宏基因组数据；

对所述宏基因组数据进行质量控制，获得高质量宏基因组数据；

将所述高质量宏基因组数据进行拼接，获得拼接序列；

将所述拼接序列进行基因预测和蛋白质翻译，获取具有完整序列的基因；

对具有完整序列的所述基因进行抗生素抗性基因的预测和筛选，获得第一抗生素抗性基因；

对所述第一抗生素抗性基因的来源进行预测，获得所述第一抗生素抗性基因的来源信息，并提取出未检测到来源的第二抗生素抗性基因；

将所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列进行提取和来源检测，获得所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列的来源信息；

对所述第一抗生素抗性基因的来源信息和所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列的来源信息进行分类地位解析，获得所述环境样本中抗生素抗性基因的组成。

2.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述对所述宏基因组数据进行质量控制，获得高质量宏基因组数据，包括：

采用PRINSEQ软件通过预设质控条件以去除低质量的所述宏基因组数据，获得高质量宏基因组数据，其中所述质控条件为：-ns_max_p：10，-no_qual_header，-min_len：25，和-min_qual_mean：20。

3.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述将所述高质量宏基因组数据进行拼接，获得拼接序列，包括：

采用宏基因组数据组装软件MEGAHIT对所述高质量宏基因组数据进行拼接，获得拼接序列contigs。

4.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述将所述拼接序列进行基因预测和蛋白质翻译，获取具有完整序列的基因，包括：

采用Prodigal软件对所述拼接序列进行基因预测和蛋白质翻译，获取具有完整序列的基因。

5.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述对具有完整序列的所述基因进行抗生素抗性基因的预测和筛选，获得第一抗生素抗性基因，包括：

采用Abricate软件和CARD数据库对具有完整序列的所述基因进行抗生素抗性基因的预测，获得预测抗生素抗性基因；

将所述预测抗生素抗性基因与对应的抗生素抗性基因进行序列比对，筛选相似性≥80％，覆盖率≥70％的所述预测抗生素抗性基因，获得所述环境样本中抗生素抗性基因。

6.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述对所述第一抗生素抗性基因的来源进行预测，获得所述第一抗生素抗性基因的来源信息，并提取出未检测到来源的第二抗生素抗性基因的序列，包括：

建立本地质粒数据库；

将所述本地质粒数据库导入blastall工具并对所述第一抗生素抗性基因的来源进行预测，获得所述第一抗生素抗性基因的来源信息，并提取出未检测到来源的第二抗生素抗性基因的序列。

7.如权利要求1所述的一种环境样本中抗生素抗性基因的高通量检测方法，其特征在于，所述将所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列进行提取和来源检测，获得所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列的来源信息，包括：

提取出所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列，后使用blastp工具和NR数据库对所述蛋白质序列的来源进行检测，获得所述第二抗生素抗性基因的蛋白质序列的来源信息。