[发明专利]一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物、试剂盒及方法

说明书

本申请涉及核酸检测领域，具体公开了一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物、试剂盒及方法。新型冠状病毒包括野生型及Alpha突变株、Beta突变株、Gamma突变株、Eta突变株、Delta突变株、lota突变株、Kappa突变株和Lambda突变株，引物探针组合物设计位点包括N基因、RNase P基因和S基因N501Y、E484K、K417T、L452R、E484Q、F490S、T76I、L452Q、246~253del突变型。本申请的核酸组合物、试剂盒及方法可用于同时快速检测新型冠状病毒及其主要流行突变株，具有灵敏度高，特异性好的优点。

技术领域

本申请涉及核酸检测的领域，更具体地说，它涉及一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物、试剂盒及方法。

背景技术

国际病毒分类委员会将新冠病毒病命名为SARS-CoV-2，是目前已知的第7种可以感染人类的冠状病毒，是继SARS-CoV和MERS-CoV之后被发现的第3 种可以引起人类严重急性呼吸道疾病的冠状病毒。SARS-CoV-2为单股正链RNA病毒，容易在复制过程中出错，大量复制可引起多种变异。一旦出现一种适应性好的变异株，则可能引起广泛传播，这对病毒监测带来了一定的风险。NCBI目前公布的突变株有以下类型： Alpha、Beta、Gamma、Eta、Delta、lota、Kappa、Lambda。

发明人发现，现有的病毒检测手段仅能检测单一突变株，无法对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Alpha、Beta、Gamma、Eta、Delta、lota、Kappa、Lambda突变株同时进行快速检测，给病毒监测和疾病治疗带来了许多不便。

发明内容

为了同时快速检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Alpha、Beta、Gamma、Eta、 Delta、lota、Kappa、Lambda突变株，便于病毒监测和疾病治疗，本申请提供一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物、试剂盒及方法。

第一方面，本申请提供一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物，采用如下的技术方案：

一种同时检测新型冠状病毒多种突变株的核酸组合物，多种突变株为Alpha、Beta、 Gamma、Eta、Delta、lota、Kappa和Lambda中的一种或几种；

所述核酸组合物包括以下引物和探针：

针对SARS-CoV-2 S基因N501Y位点的正、反向引物和探针，针对SARS-CoV-2 S基因N501Y位点的正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，针对SARS-CoV-2 S基因N501Y位点的反向引物序列如SEQ ID NO.2所示，针对SARS-CoV-2 S基因N501Y位点的探针序列如SEQ IDNO.3所示；

针对SARS-CoV-2 S基因E484K位点的正、反向引物和探针，针对SARS-CoV-2 S基因E484K位点的正向引物序列如SEQ ID NO.4所示，针对SARS-CoV-2 S基因E484K位点的反向引物序列如SEQ ID NO.5所示，针对SARS-CoV-2 S基因E484K位点的探针序列如 SEQ IDNO.6所示；

针对SARS-CoV-2 S基因K417T位点的正、反向引物和探针，针对SARS-CoV-2 S基因K417T位点的正向引物序列如SEQ ID NO.7所示，针对SARS-CoV-2 S基因K417T位点的反向引物序列如SEQ ID NO.8所示，针对SARS-CoV-2 S基因K417T位点的探针序列如 SEQ IDNO.9所示；

针对SARS-CoV-2 S基因L452R位点的正、反向引物和探针，针对SARS-CoV-2 S基因L452R位点的正向引物序列如SEQ ID NO.10所示，针对SARS-CoV-2 S基因L452R位点的反向引物序列如SEQ ID NO.11所示，针对SARS-CoV-2 S基因L452R位点的探针序列如 SEQ IDNO.12所示；