[发明专利]凤丹耐涝差异表达基因及基于转录组测序挖掘的方法

权利要求书

1.一种基于转录组测序挖掘凤丹耐涝差异表达基因的方法，其特征在于，

步骤一、在涝害和正常环境下分别培养油用牡丹凤丹盆栽苗，获得涝害实验组和正常对照组幼嫩叶片组织样本；

步骤二、对上述获得的组织样本，分别提取总RNA，进而构建相应的cDNA文库，并开展进一步的转录组测序；

步骤三、基于NR数据库、Swissprot数据库、KOG数据库和KEGG数据库对unigenes进行注释；

步骤四、采用GO和KEGG数据库对差异表达基因进行分析，筛选出P值 0.05的GO和基因通路，GO注释说明基因的基本功能，KEGG说明基因所参与的代谢通路，以FDR 0.01、Log₂FC≥1为筛选条件，筛选获得上调或下调的差异表达基因；

步骤五、对上述获得的差异表达基因，采用KEGG和GO功能分析软件进行注释，进一步明确基因所参与的功能和代谢通路；

步骤六、设置筛选条件，以Log₂FC≥2、差异表达基因长度大于450 bp、覆盖度大于80%、同源度大于95%作为筛选条件，通过BlastX比对，筛选出参与凤丹涝害胁迫的unigenes，并对基因的基本功能和其参与调节的信号通路进行分类，并依据RPKM值筛选出凤丹耐涝的基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤二中，从组装转录本中共获得74756个参考单基因，平均长度为743 bp，长度范围为201-12252 bp。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤三中，共有33278个unigenes，占44.51%，与四个数据库中的一个或多个数据库匹配，在所有四个数据库中共有9761个unigenes，占13.06%。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤四中，以FDR 0.01、Log₂FC≥1为筛选条件，筛选获得上调或下调的差异表达基因，包括155个上调基因和625个下调基因。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤六中，筛选出25个RPKM值大于200的差异表达基因，作为凤丹耐涝差异表达的候选基因。

6.凤丹耐涝差异表达基因，其特征在于，包括25个RPKM值大于200的差异表达基因：

上调的基因包括：Unigene0018852，SEQ ID No.1；Unigene0038194，SEQ ID No.2；Unigene0035885，SEQ ID No.13；Unigene0057972，SEQ ID No.18；Unigene0055078，SEQ IDNo.19；Unigene0050134，SEQ ID No.20；Unigene0007915，SEQ ID No.23；Unigene0046901，SEQ ID No.25；

下调的基因包括：Unigene0040885，SEQ ID No.3；Unigene0000766，SEQ ID No.4；Unigene0004336，SEQ ID No.5；Unigene0043500，SEQ ID No.6；Unigene0047814，SEQ IDNo.7；Unigene0055795，SEQ ID No.8；Unigene0013100，SEQ ID No.9；Unigene0047239，SEQID No.10；Unigene0009981，SEQ ID No.11；Unigene0000453，SEQ ID No.12；Unigene0010785，SEQ ID No.14；Unigene0052591，SEQ ID No.15；Unigene0058726，SEQ IDNo.16；Unigene0057710，SEQ ID No.17；Unigene0048286，SEQ ID No.21；Unigene0042357，SEQ ID No.22；Unigene0044694，SEQ ID No.24。