[发明专利]用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合及应用

说明书

本发明公开一种用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合，其包括如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.72序列所示的引物。本发明的SNP位点是通过构建凡纳滨对虾SNP遗传连锁图谱并进行QTL分析获得的，分别与凡纳滨对虾的生长、抗病、耐氨氮、耐亚硝氮性状连锁。在凡纳滨对虾育种实践中，可以应用本发明的SNP位点引物组合，检测凡纳滨对虾育种材料的SNP位点基因型，筛选有利基因型的个体，培育经济性状优良的凡纳滨对虾新品种。

技术领域

本发明属于凡纳滨对虾育种技术领域，具体涉及一种用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合及应用。

背景技术

分子标记辅助育种技术具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点，能够克服传统选育准确率低、选育周期长的缺点，能显著提高选育效率、加速育种进程。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。目前，SNP主要通过高通量测序技术获得。SNP标记与性状的关联通常是通过全基因组关联分析或数量性状基因座（Quantitative trait locus,QTL）分析获得。SNP基因分型检测的方法主要有直接测序法、荧光探针法、连接酶检测反应法、基因芯片法、飞行时间质谱法等。其中飞行时间质谱法具有成本较低、检测方便、灵敏度高、结果准确等优点。

凡纳滨对虾是世界养殖最广泛的对虾品种，也是我国养殖产量最大的对虾品种。凡纳滨对虾具有肉质鲜美、营养丰富、个体大、生长快、营养需求低、抗病力强等优点，对环境变化的适应能力较强，是集约化养殖的优良品种，因此深受养殖者欢迎。然而，集约化高密度养殖往往带来养殖水体中氨氮、亚硝氮等毒性物质浓度过高的问题，而高浓度的氨氮、亚硝氮严重影响对虾的生长、发育、免疫力，甚至会导致对虾死亡。同时，集约化高密度养殖容易导致病害爆发，例如对虾养殖中最常见的白斑病。因此，亟需选育生长速度快、抗病力强、耐氨氮和耐亚硝氮的对虾品种，然而对虾的多性状聚合育种难度较大，如果采用传统的表型选择育种方法，需要很多代的选育才能把优良性状的基因聚合在一起。因此，研究基于SNP标记组合的凡纳滨对虾多性状育种技术，对于凡纳滨对虾优良新品种的选育具有重要意义。

发明内容

针对上述不足，本发明公开了一种用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合及应用，在凡纳滨对虾QTL分析的基础上，获得了与抗病、耐氨氮、耐亚硝氮和生长速度快等经济性状紧密连锁的SNP位点，并设计了检测SNP基因型的引物组合，用于凡纳滨对虾多性状育种，为凡纳滨对虾新品种选育提供技术支撑。

本发明是采用如下技术方案实现的：

一种用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合，其包括如序列表中SEQ IDNO .1～SEQ ID NO .72序列所示的引物。

上述用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合的应用，其是采用所述的用于凡纳滨对虾多性状育种的SNP位点引物组合，对凡纳滨对虾育种材料进行SNP位点的基因型检测，根据育种目标需要，筛选具有性状有利基因型组合的凡纳滨对虾个体。

进一步的，将如序列表中SEQ ID NO .1～SEQ ID NO .18序列所示的引物用于筛选对凡纳滨对虾的抗病性状有利的基因型个体，其具体是采用SEQ ID NO .1～SEQ ID NO.2序列所示的引物，以凡纳滨对虾育种材料的基因组DNA作为模板进行PCR扩增反应，然后以得到的PCR扩增产物作为模板，并且采用SEQ ID NO .3序列所示的引物进行单碱基延伸反应，如果延伸的碱基为C，则该SNP位点的基因型被认为是对凡纳滨对虾抗病性状有利的基因型；

采用SEQ ID NO .4～SEQ ID NO .5序列所示的引物，以凡纳滨对虾育种材料的基因组DNA作为模板进行PCR扩增反应，然后以得到的PCR扩增产物作为模板，并且采用SEQ IDNO .6序列所示的引物进行单碱基延伸反应，如果延伸的碱基为G，则该SNP位点的基因型被认为是对凡纳滨对虾抗病性状有利的基因型；