[发明专利]基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法

权利要求书

1.基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法，其特征在于：该分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法具体操作步骤如下：

S1、分子对接；

S2、分子动力学模拟；

S3、细胞活力检测-MTT法；

S4、蛋白质免疫印迹；

S5、细胞周期检测；

S6、细胞增殖检测；

S7、细胞凋亡检测；

S8、细胞划线实验；

S9、细胞内FASN酶活检测；

S1步骤中分子对接具体操作步骤如下：

1)使用Openbabel软件将自ZINC网站打包下载的文件拆分成多个含单个小分子化合物的配体mol2文件；

2)批量创建文件夹，并按数字序号依次命名；

3)批量将配体放入文件夹中，并将配体统一命名；

S2步骤中分子动力学模拟具体操作步骤如下：

拓扑文件准备

1)在Linux环境下安装Gromacs软件，下载CHARMM36力场并置于工作目录下；

2)使用PyMOL软件检查受体pdb文件，去除可能包含的结晶水和小分子配体等结构并置于工作目录；

3)通过pdb2gmx指令生成将受体gro、top、itp拓扑文件；

4)配体拓扑文件的准备

5)使用Avogadro程序将配体pdb文件添加氢原子并生成mol2文件；

6)借助sort_mol2_bonds.pl脚本修正配体mol2文件；

7)通过CGenFF将配体mol2文件转换为str文件；

8)借助cgenff_charmm2gmx.py脚本将str文件转化为itp、prm、top、pdb等文件；

蛋白质受体复合体的构建

1)通过editconf指令将配体pdb文件转换成gro文件；

2)将配体的坐标信息添加到受体gro文件；

3)将配体的拓扑信息写入受体topol.top文件，并在molecules部分添加配体信息；

定义盒子并添加溶剂

1)通过editconf指令将复合体放入盒子中，并将复合物与盒子边界的最小距离设定为1.0nm；

2)通过solvate指令在盒子中添加水分子；

3)将ions.mdp置于工作目录，通过grompp和genion指令往盒子中添加离子平衡体系中的电荷；

能量最小化

1)将em.mdp置于工作目录，通过grompp和mdrun指令使体系的能量最小化；

2)平衡

3)通过make_ndx指令给配体创建一个包含氢原子之外所有原子的索引组；

4)通过genrestr指令输出配体施加位置限制的itp文件；

5)将itp文件写入受体topol.top文件；

热浴

1)将nvt.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令执行NVT平衡；

2)将npt.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令执行NPT平衡；

正式模拟

1)将md.mdp置于工作目录中，通过grompp和mdrun指令运行50ns MD模拟。

2.根据权利要求1的基于分子对接和分子动力模拟筛选的药物化合物库中的潜在FASN抑制剂试验方法，其特征在于：S3中的细胞活力检测-MTT法具体操作步骤如下：

1)待96孔板中细胞密度长至70％～80％，加入含不同药物浓度的无血清DMEM处理细胞24h，每个药物浓度重复6孔；

2)提前将MTT和DMSO配制5mg/mL的MTT溶液；

3)按照9:1的比例将无血清培养液和MTT溶液(5mg/mL)配制成0.5mg/mL混合液；

4)弃培养液，每孔加入PBS清洗，每孔加入100μL混合液；

5)37℃恒温培养1h；

6)弃混合液，每孔加入并吹打100μL DMSO；

7)使用酶标仪测492nm处吸光值。