[发明专利]基于免疫基因的少突胶质细胞瘤Olig1/Olig2分子分型方法及其应用在审
申请号: | 202111402844.5 | 申请日: | 2021-11-19 |
公开(公告)号: | CN116144767A | 公开(公告)日: | 2023-05-23 |
发明(设计)人: | 吴凡;张伟;尹艺运 | 申请(专利权)人: | 北京市神经外科研究所 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16B40/00 |
代理公司: | 北京英创嘉友知识产权代理事务所(普通合伙) 11447 | 代理人: | 邹宇宁 |
地址: | 100070 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 免疫 基因 胶质 细胞 olig1 olig2 分子 方法 及其 应用 | ||
1.一种用于制备Olig1/Olig2分型预测模型的方法,其特征在于,该方法包括如下步骤:
S1、分别检测n个样本特定基因的表达量;所述特定基因为40个基因;所述40个基因包括:Olig1基因群Olig2基因群;
所述Olig1基因群由如下14个基因组成:ITGA9、ADCY9、AQP3、PELO、SFXN3、HUNK、MC5R、ISM2、ETS1、LRRC32、ATP5B、CDKN3、F12、COL4A1;
所述Olig2基因群由如下26个基因组成:C11orf75、DAPK2、PSAT1、PDCD6、MBP、PRDX1、CRYBB1、HNMT、HEY1、GPR137B、CD38、HLA-DPB1、GLUD1、CD1D、UBD、KLRF1、HLA-DPA1、MS4A6A、IL32、GPR65、HLA-E、HLA-DQA2、DAPK1、GNG7、SP100、ABCD1;
S2、取步骤S1获得的所有样本的特定基因表达量的数据,通过一致性聚类算法将每个少突胶质细胞瘤样本分为Olig1型或Olig2型;
S3、取步骤S1获得的样本的特定基因表达量的数据和步骤S2获得的所有样本的分型结果,通过最邻近收缩中心算法构建以特定基因表达量为输入以分型归属为输出的模型,所述模型为Olig1/Olig2分型预测模型;所述分型归属为某一少突胶质细胞瘤样本为Olig1型或为Olig2型。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,在步骤S1中,所述n个样本为有统计学意义的数量的样本。
3.一种用于制备Olig1/Olig2分型预测模型的系统组合,其特征在于,所述系统组合包括:系统甲、系统乙和系统丙;
所述系统甲用于检测n个样本特定基因的表达量,输出每个样本特定基因的表达量的数据;
所述特定基因为40个基因;所述40个基因包括:Olig1基因群Olig2基因群;
所述Olig1基因群由如下14个基因组成:ITGA9、ADCY9、AQP3、PELO、SFXN3、HUNK、MC5R、ISM2、ETS1、LRRC32、ATP5B、CDKN3、F12、COL4A1;
所述Olig2基因群由如下26个基因组成:C11orf75、DAPK2、PSAT1、PDCD6、MBP、PRDX1、CRYBB1、HNMT、HEY1、GPR137B、CD38、HLA-DPB1、GLUD1、CD1D、UBD、KLRF1、HLA-DPA1、MS4A6A、IL32、GPR65、HLA-E、HLA-DQA2、DAPK1、GNG7、SP100、ABCD1;
所述系统乙用于接收系统甲输出的所有样本的特定基因表达量的数据,通过一致性聚类算法将每个样本分为Olig1型或Olig2型;
所述系统丙用于接收系统甲输出的所有样本的基因表达量的数据和系统乙输出的所有样本的分型结果,通过最邻近收缩中心算法构建以特定基因表达量为输入以分型归属概率为输出的模型,所述模型Olig1/Olig2分型预测模型;所述分型归属为某一少突胶质细胞瘤样本为Olig1型或为Olig2型。
4.权利要求1或2所述的用于制备Olig1/Olig2分型预测模型的方法在制备用于少突胶质细胞瘤分型或预测少突胶质细胞瘤患者生存期的产品中的应用,其特征在于,所述产品包括:
检测特定基因表达量的物质;
存储有Olig1/Olig2分型预测模型的介质;
记载有特定方法的载体。
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