[发明专利]一种猪EEPD1基因第八外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用

说明书

一种猪EEPD1基因第八外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。本发明提供了一种猪EEPD1基因核苷酸序列第123857bp处的一个CG碱基突变和第124200处的一个AG碱基突变作为猪肌内脂肪含量性状相关的分子遗传标记。本发明通过制备得到一种与肌内脂肪含量性状相关的遗传标记，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，在它们第241bp处存在一个CG碱基突变，在584bp处存在一个AG碱基突变，两个突变位点高度连锁，可显著影响猪肌内脂肪含量性状。本发明还提供了该遗传标记的制备方法及其在猪肌内脂肪含量性状关联分析中的应用。本发明为猪肌内脂肪含量性状的分子标记辅助育种提供了一个新的遗传标记。

技术领域

本发明属于家畜遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种猪EEPD1基因第八外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。

背景技术

随着社会经济发展和人民生活水平的提高，高品质、多元化、个性化消费需求的优质猪肉市场需求激增，但是当前综合性状优良、特色鲜明、满足中国人口味的猪肉产品不多，猪肉产品市场供需不匹配问题逐渐显现，因此，猪肉品质遗传改良已越来越被重视。肌内脂肪含量(Intramuscular Fat,IMF)是影响肉品质性状的一项重要指标，它与猪肉的嫩度、风味、多汁性存在显著相关(Lu etal.2008)。然而，猪肉质性状较难活体测量，很难用常规育种技术进行遗传改良，因此寻找控制猪肉质性状(尤其是IMF)的关键分子遗传标记，应用于该性状的分子辅助育种，对提高猪肉品质性能具有重要意义。

EEPD1(Endonuclease/Exonuclease/Phosphatase Family Domain Containing1)编码核酸内切酶/核酸外切酶/磷酸酶家族结构域包含蛋白1，主要在人类DNA损伤过程中修复应激复制叉中起作用(Kim etal.,2017)。Ji等(2012)在对鸡脂肪组织的转录组分析也发现，鸡EEPD1基因表达量的降低与禁食和胰岛素中和能力均相关，表明其对脂肪酸合成具有负调控作用。Li等(2020)利用高通量转录组测序技术发现EEPD1基因在荷斯坦公牛和阉公牛的腰最长肌中差异表达，且牛EEPD1基因与牛肉品质性状相关。而有关猪EEPD1基因对肉质性状的影响还未见报道。

申请人前期利用RNA-seq技术对比分析了IMF极端个体背最长肌组织基因表达差异，发现EEPD1基因显著差异表达。因此，申请人扩增了猪EEPD1基因的部分核苷酸序列，利用该序列进行了多态性变异位点的筛选鉴定及与IMF性状的关联分析研究，以期获得与猪IMF性状相关的新分子标记。

发明内容

本发明的技术目的在于扩增猪EEPD1基因的部分第七内含子和第八外显子DNA序列，以寻找该基因序列突变位点多态性，获得一种与猪肌内脂肪含量性状相关的遗传标记，并利用该遗传标记作为猪标记辅助选择中。

为实现上述技术目的，本发明提供了一种猪EEPD1基因第八外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记，它是猪EEPD1基因的部分DNA序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，在该序列第241碱基处存在一个CG碱基突变，在该序列第584碱基处存在一个AG碱基突变。

本发明还提供了所述遗传标记在猪肌内脂肪含量性状标记辅助选择中的应用。

优选地，所述的应用是所制备的遗传变异标记在猪IMF性状的关联分析中的应用或者是所制备的单倍型标记在猪IMF性状的关联分析中的应用。

本发明的有益效果是：本发明为猪IMF性状的分子标记辅助育种提供了一个新的遗传标记。

附图说明

图1是本发明的总体技术流程图；

图2是本发明中猪EEPD1基因PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图；

图3是本发明中猪EEPD1基因第八外显子g.123857CG突变位点SEQ ID NO：4引物反向测序的测序图谱；