[发明专利]一种高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合及鉴定方法和应用

说明书

本发明提供了一种高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合及鉴定方法和应用，所述引物组合包括第一引物组和第二引物组，所述第一引物组包括序列号为SEQ ID NO.1的GW5_YN_F、序列号为SEQ ID NO.2的GW5_YN_R1、序列号为SEQ ID NO.3的GW5_YN_R2；所述第二引物组包括序列号为SEQ ID NO.4的GW5_YZ_F、序列号为SEQ ID NO.5的GW5_YZ_R1、序列号为SEQ ID NO.6的GW5_YZ_R2。本发明构建的引物组合鉴定类型能够实现同时鉴定粒重基因GW5的三种等位，是一种全新的标记组合类型，相比之前的鉴定标记，该标记组合的鉴定效率成倍增加，在节约成本、提高效率方面有巨大优势。

技术领域

本发明涉及生物鉴定技术领域，尤其涉及一种高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合及鉴定方法和应用。

背景技术

水稻产量主要由穗数、每穗粒数及千粒重决定，增加上述任何一种性状都可有效提高产量。相比穗数和每穗粒数，粒重性状的表现不易受环境影响，因此在不影响其它两个产量要素的前提下改良粒重性状可以稳定提升产量。目前水稻中已经克隆了多个与粒重有关的QTL位点，其中GW5位点在已有的连锁分析和关联分析中都被证实是与粒重和粒型相关性最高的位点，对该位点进行育种应用可实现品种粒重的快速提升。研究显示水稻中GW5位点存在三种自然变异等位，一种为1212bp缺失变异类型，一种为950bp的缺失变异类型，这两种变异类型都会导致粒宽和粒重增加表型，而没有任何缺失的野生型为窄粒类型。针对GW5不同变异类型设计特异分子标记将有效实现对粒重和粒型性状的追踪，加快水稻粒重改良育种进程。当前已有一些研究针对GW5位点开发了分子标记，但这些标记仅能区分特定两种等位变异类型，有的甚至需要多轮PCR扩增才能区分不同等位，且PCR片段长度较长，增加了基因型鉴定的时间成本和试剂成本。针对该位点亟需开发一种能够同时鉴定三种等位的高效分子标记类型。

发明内容

本发明旨在解决现有技术中存在的技术问题。为此，本发明提供一种高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合及鉴定方法和应用，目的是实现同时鉴定粒重基因GW5的三种等位。

基于上述目的，本发明提供了一种高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合，所述引物组合包括第一引物组和第二引物组，所述第一引物组包括序列号为SEQ ID NO.1的GW5_YN_F、序列号为SEQ ID NO.2的GW5_YN_R1、序列号为SEQ ID NO.3的GW5_YN_R2；所述第二引物组包括序列号为SEQ ID NO.4的GW5_YZ_F、序列号为SEQ ID NO.5的GW5_YZ_R1、序列号为SEQ ID NO.6的GW5_YZ_R2。

优选的，所述引物组合还包括第三引物组，第三引物组包括序列号为SEQ ID NO.4的GW5_YZ_F、序列号为SEQ ID NO.6的GW5_YZ_R2、序列号为SEQ ID NO.7的GW5_YZ_R3。

本发明还提供一种采用所述高效鉴定粒重基因GW5不同等位的引物组合的鉴定方法，包括如下步骤：

步骤一、将第一引物组中的GW5_YN_F引物及GW5_YN_R2引物与第二引物组组合形成五引物组合；

步骤二、将提取的DNA采用所述五引物组合进行PCR扩增，若扩增出476bp+124bp条带，则为野生型；若扩增出411bp+124bp条带，则为1212bp缺失变异类型；若扩出573bp条带和一条微弱的124bp条带，则为950bp缺失变异类型。

优选的，所述步骤一中采用GW5_YZ_R3引物替换第二引物组中的GW5_YZ_R1；所述步骤二中，若仅扩增出292bp条带，则为野生型；若同时扩增出292和411bp的条带，则为1212bp缺失变异类型；若特异扩增出573bp条带，则为950bp缺失变异类型。

所述PCR扩增是以20μl的PCR扩增体系为基准，每条引物各0.5μl，模板的用量均为2μl。