[发明专利]一种同源重组修复缺陷的评估方法、装置和存储介质有效

专利信息
申请号: 202111572513.6 申请日: 2021-12-21
公开(公告)号: CN114242170B 公开(公告)日: 2023-05-09
发明(设计)人: 黄毅;朱彬彬;陈华东;刘久成;刘青峰;易鑫;杨玲 申请(专利权)人: 深圳吉因加医学检验实验室
主分类号: G16B30/10 分类号: G16B30/10;G16B25/20;G16B20/30;G16B40/00
代理公司: 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 代理人: 李小焦;彭家恩
地址: 518000 广东省深圳市*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 同源 重组 修复 缺陷 评估 方法 装置 存储 介质
【说明书】:

本申请公开了一种同源重组修复缺陷的评估方法、装置和存储介质。本申请方法包括,获取待测样本低深度全基因组测序数据,去接头,比对到参考基因组上,过滤PCR重复序列;对数据进行质控和污染数据过滤,然后用ACE软件进行CNV分析,获得total CNA谱;根据total CNA谱计算LST值,并采用WGD情况校正LST值;根据BRCA基因型别和校正LST值判断HRD为阳性或阴性。本申请方法利用低深度全基因组测序数据进行LST值计算,并采用WGD情况校正LST值;无需LOH和TAI等其他基因组瘢痕标志物,可直接用校正LST值进行HRD状态评估,提高了PARP抑制剂治疗预测及预后的有效性和准确性。

技术领域

本申请涉及同源重组修复缺陷评估技术领域,特别是涉及一种同源重组修复缺陷的评估方法、装置和存储介质。

背景技术

同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)是DNA双链断裂(doublestrand break,DSB)的首选修复方式。同源重组修复缺陷(homologous recombinationdeficiency,HRD)通常指细胞水平上的HRR功能障碍状态,可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致,常存在于多种恶性肿瘤中,在卵巢癌、乳腺癌、胰腺导管癌、前列腺癌等肿瘤中尤其突出。HRD会产生特定的、可量化的、稳定的基因组改变,可通过建立基于基因组特征分析的评估体系来预测肿瘤HRD状态及其程度,已成为晚期卵巢癌患者临床应用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerase,PARP]抑制剂的新型生物标志物,也可能对乳腺癌、前列腺癌等肿瘤的PARP抑制剂和铂类药物的临床用药具有指导价值。最近的上皮性卵巢癌PARP抑制剂相关生物标志物检测的专家共识中指出,HRD检测被推荐用于指导一线新诊断卵巢癌的治疗方案选择,建议卵巢癌患者确诊就应进行HRD检测,包含BRCA基因检测,其结果对维持治疗的疗效预测及预后判断具有重要参考价值。目前,HRD作为反应肿瘤患者化疗敏感度、后期靶向治疗的最重要的生物标志物,已经成为卵巢癌治疗重要的一步。

HRD临床检测所描述的肿瘤基因组特定改变,也被称为“基因组瘢痕”。自2012年以来,杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)、端粒等位基因不平衡(telomericallelic imbalance,TAI)、大片段迁移(large-scale state transition,LST)等被作为基因组瘢痕标志物,以量化基因组瘢痕的程度。LOH定义为大于15Mb且小于整个染色体长度的杂合性缺失;TAI定义为延伸到其中一个亚端粒但不超过着丝粒且大于11Mb的等位基因不平衡的染色体片段;LST定义为两个相邻区域之间的染色体断裂位点,肿瘤基因组截断点的总数可以用来描述基因组的不稳定性。其中,相邻区域是指两个区域长度均大于或等于10Mb,且区域间距小于3Mb。LOH、TAI和LST等3个指标都有独特的定义,在一定程度上能描述细胞HRD状态的程度。

现有技术普遍采用基因芯片捕获测序或高深度全基因组测序进行同源重组修复缺陷的基因瘢痕评估。但是,基因芯片捕获测序存在数据误差较大的问题,而全基因组测序对测序深度要求较高。此外,国外文章ShallowHRD:detection of homologousrecombination deficiency from shallow whole genome sequencing中尝试采用低深度全基因组数据计算LST,但真实临床样本的性能差,并且,对发生全基因组复制的样本存在指标评分偏高、灵敏度低、准确率低等问题。因此,如何更简单、灵敏、准确的对同源重组修复缺陷的基因瘢痕进行评估,是目前亟待解决的问题。

发明内容

本申请的目的是提供一种新的同源重组修复缺陷的评估方法、装置和存储介质。

为了实现上述目的,本申请采用了以下技术方案:

本申请的第一方面公开了一种同源重组修复缺陷的评估方法,包括以下步骤:

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