[发明专利]一种鉴别杜长大三元猪和长大二元猪的SNP标记引物对及其应用

说明书

本发明涉及一种鉴别杜长大三元猪和长大二元猪的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪6号染色体上的MC1R基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体181697bp处含rs45435032核苷酸位点的分子标记，且具有T/C多态性，所述SNP标记在杜长大三元猪和长大二元猪群体间有差异基因型，其中杜长大三元猪为TC基因型，长大二元猪为CC基因型。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。通过鉴定该SNP标记基因型来简易、高效地鉴别杜长大三元猪和长大二元猪。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种鉴别杜长大三元猪和长大二元猪的SNP标记引物对及其应用。

背景技术

在我国生猪养殖的模式中，经产母猪主要是长白公猪和大白母猪杂交形成的长大二元母猪，用于育肥的商品猪主要是长大二元母猪和杜洛克公猪杂交形成的杜长大三元商品猪，长大二元母猪相较于杜长大三元商品猪，具有更高的种用价值和经济价值。由于杜长大三元猪和长大二元猪在外形上相似，因此，在生猪交易过程中，经常出现将杜长大三元猪作为种猪进行自群繁育或出售的情况，这种利用低价值产品替代高价值产品的现象，在短时间内是弥补种猪资源不足的应急行为，但如果长期如此操作，不仅扰乱了市场秩序，还会打乱生猪企业的正常生产节奏，导致生猪企业种源质量倒退，从而造成巨大的经济损失。此外，生猪企业也会因内部人员公猪采精和母猪配种操作疏忽，导致出现误配产生杜长大三元种猪作为生产母猪的情况发生，从而打乱生产节奏和种猪质量，造成重大的经济损失。综上，对于杜长大三元猪和长大二元猪进行高效鉴别，具备重要的生产价值和经济价值。

目前，市场上没有简易、高效地鉴别杜长大三元猪和长大二元猪的方法，虽然在我国生猪生产中，已实施了肉类产品的可追溯管理和应用体系，但是由于主要是以动物佩戴电子耳标和条码技术进行溯源和管理，一方面电子耳标易脱落，造成信息的缺失，另一方面，仅依靠条码技术，难以保证产品信息的真实性。在实际生产中，一般通过技术人员根据体型外貌进行杜长大三元猪和长大二元猪鉴别，但是准确性相对较差。此外，还可以对猪只个体进行基因组测序，通过聚类分析等判定猪只身份，但是需要消耗较大的经济成本、时间成本和人力成本。因此，要开发一种简单的方法对市场上的杜长大三元猪和长大二元猪进行高效鉴别迫在眉睫。

杜长大三元猪是长大二元猪作为母本，与杜洛克公猪杂交产生的后代，其具备50％杜洛克猪的血统。因此，基于杜洛克猪特异性表型出发，例如其特有的红棕色毛色表型，找出杜洛克猪特异性的突变位点，即相关突变位点基因型在杜洛克猪群体中固定，且完全不同于长白猪和大白猪等群体的基因型，因此，相关位点在长大二元猪群体中，仍然保持和长白猪和大白猪一致的基因型，但是由于导入50％杜洛克突变纯合基因型，在杜长大三元猪群体中，会形成两种等位基因的杂合子，相关突变位点就可以简易、高效地鉴别出杜长大三元猪和长大二元猪。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于针对目前杜长大三元猪和长大二元猪鉴定耗时费力，准确性不高，提供一个杜长大三元猪品种特异性的SNP标记并将其开发为分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种开发鉴别杜长大三元猪和长大二元猪相关的分子标记的方法，以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体181697bp处rs45435032核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以杜长大三元猪或长大二元猪基因组 DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪6号染色体 181697bp处rs45435032核苷酸位点转化为分子标记。

所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。

按照上述的方法得到的分子标记。