[发明专利]一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用

说明书

本发明公开了一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，所述SNP1为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或T；所述SNP2为如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或A。本发明方案有助于水稻品种的选育，对提升水稻品质，培育高品质的水稻进行商业育种具有重要意义。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及与一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用。

背景技术

稻米中90％的干物质都是淀粉，这其中30％是直链淀粉，直链淀粉含量(Apparentamylose content,AAC)是大米蒸煮食味品质评价的一个主要指标，它直接关系到米饭的粘度和硬度。品种中直链淀粉含量变异很大，糯稻中基本不含直链淀粉(0-2％)，有的品种直链淀粉含量超过30％。行业内通常根据直链淀粉含量的不同将水稻品种分成5级：糯(0-2％)、极低(3-9％)、低(10-19％)、中等(20-25％)和高(25％以上)。根据水稻类型不同，籼稻普遍高于粳稻因此籼稻米饭硬而散，而粳稻米饭软且粘。通过对国家种质库中14000多份籼稻品种进行普查后发现，所有这些品种直链淀粉含量差异并不大，地方品种中直链淀粉含量平均含量最高(25.3％)，育成品种稍低(24.7％)，外引品种最低(22.8％)；还发现这个指标水稻高于旱稻(张云康，1993)。不过，最近几十年我国稻米的直链淀粉含量呈普遍下降趋势，籼稻平均为21.1％，变异幅度为10.5％-28.5％，当前的主栽品种都在15％左右；粳稻平均为16.3％，在13.7％到20％之间。

稻米直链淀粉的含量主要由Wx位点控制，因此，Wx位点不同的等位基因型决定了不同水稻类型甚至同一类型不同品种直链淀粉的含量。至今，水稻育种中正在利用的Wx位点不多，主要有3个。比如籼稻和粳稻中普遍分别带有两个功能性的Wx位点Wx^a和Wx^b，致使籼稻直链淀粉含量普遍高于粳稻；而糯稻中则携带一个功能缺失的Wx位点wx，因此糯稻中几乎不合成直链淀粉。因此，在需要培育较低直链淀粉含量的籼稻品种时，普遍采用的做法是将粳稻特有的Wx^b导入籼稻以达到降低直链淀粉含量的目的，反之亦然。所以，总得来说育种上可用的Wx等位基因型太少，需要丰富该等位基因的类型，有必要从更多的原始资源、地方品种、国外种质资源中挖掘新的基因类型，进而开发实用型的分子标记，从而应用于水稻品质性状的分子育种中。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记。

本发明还提出上述单倍型SNP分子标记的检测方法。

本发明还提出一种水稻直链淀粉含量相关的分子标记方法。

本发明还提出上述单倍型SNP分子标记的应用。

根据本发明的第一方面实施方式的一种与稻米直链淀粉含量相关的单倍型SNP分子标记，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，所述SNP1为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或T；所述SNP2为如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或A。

在本发明的一些实施方式中，所述单倍型分子标记按SNP1、SNP2为GA基因型时，对应的水稻具有高直链淀粉含量性状(25％)；当所述单倍型分子标记为GG基因型时，对应的水稻具有中等直链淀粉含量性状(20％-25％)；当所述单倍型分子标记为TG基因型时，对应的水稻具有低直链淀粉含量性状(20％以下)。

根据本发明第二方面实施方式的一种稻米直链淀粉含量相关的SNP分子标记的检测方法，所述方法包括如下步骤：将待测水稻进行序列测定，根据序列测定结果，对上述单倍型分子标记的基因型进行检测。