[发明专利]一种检测白血病融合基因BCOR/RARa的试剂和试剂盒

说明书

本发明是一种检测白血病融合基因BCOR/RARa的试剂和试剂盒，包括检测融合基因的上下游引物以及探针。本发明所述试剂和试剂盒特异性好，灵敏度高，通量大，适用于大批量样本的融合基因BCOR/RARa筛查。

技术领域

本发明属生命科学和生物技术领域，具体涉及一种白血病融合基因BCOR/RARa检测的引物，方法和试剂盒。

技术背景

急性早幼粒细胞白血病(acute promyelocytic leukemia，APL)是(acutemyeloid1eukemia,AML)的一个特殊亚型M3型，约占AML的15％，发病年龄以20岁以上中青年为主，病程凶险，有较高的出血倾向和早期死亡率。95％以上的APL患者可见其15号染色体和17号染色体易位，形成特征性的t(15；17)(q22；q21)，即PML-RARa融合基因，是APL特征性遗传学标志。

PML-RARa融合基因编码的PML-RARa蛋白可与RXRa形成二聚体，竞争野生型的RARa与RXRa的结合，阻止粒细胞分化和成熟，同时异常早幼粒细胞凋亡不足，从而在骨髓中堆积大量的异常早幼粒细胞。全反式维甲酸(ATRA)和亚砷酸(ATO)是APL的主要治疗方案，两者联合应用可使APL的完全缓解率(CR)达到90％以上。研究发现ATRA可靶向降解PML-RARa融合蛋白，恢复野生型RARa和PML基因功能，重新诱导粒细胞分化成熟。ATO可作用于PML，诱导PML-RARa融合蛋白和野生型PML蛋白快速降解。两种药物协同作用且无交叉耐药，治疗效果好，使APL成为临床可治愈的急性髓细胞白血病。

虽然95％以上APL患者均具有PML-RARa融合基因，但仍有约5％的患者缺乏该融合基因，称为不典型APL患者。不典型APL患者中发现RARa与其它伙伴基因的融合，目前研究报道共有13种，分别为NPM1-RARa、PLZF-RARa、BCOR-RARa、FIP1L1-RARa、NuMA-RARa、PRKAR1A-RARa、OBFC2A-RARa、STAT5B-RARa、GTF2I-RARa、IRF2BP2-RARa、TBLR1-RARa、FNDC3B-RARa和TFG-RARa融合基因。尽管这些融合基因均与RARa相关，但由于其伙伴基因不同，它们对ATRA和ATO治疗的反应性不一，其中伴有PLZF-RARa和STAT5B-RARa融合基因的APL患者对ATRA治疗不敏感或耐受，整体治疗效果不佳，预后不良。伴有BCOR-RARa融合基因的APL患者对ATRA敏感但对ATO耐受。

实时荧光PCR综合生物学、酶学和荧光化学于一体，从扩增到结果分析均在封闭状态下的PCR反应管中进行，其结果用Ct值表示，与普通PCR比较，具有特异度好，灵敏度高，操作简单，结果更直观等优点，被认为是目前微量融合基因检测的首选方法。实时荧光PCR中常见的方法有SYBR GreenI染料法，双探针杂交法以及Taqman技术等。其中SYBR GreenI由于是非饱和染料，特异性不如双探针杂交法以及Taqman法，必须通过观察溶解曲线来判断其特异性，而双探针法杂交法成本又较为昂贵。因此本试剂盒采用实时荧光PCR结合Taqman探针检测融合基因BCOR/RARa。

发明内容

本发明设计了检测内参/目的基因用引物、探针，采用实时荧光PCR技术，检测内参基因ABL、目的基因BCOR/RARa的表达情况。试剂盒通过调整内参/目的基因的引物探针比例，以及PCR反应条件，使扩增效率和速率均达到最佳。

用于检测白血病融合基因BCOR/RARa的试剂，包括扩增目标基因的上下游引物和探针，对应的核苷酸序列如下：

BCOR/RARa-F:TGAAAATGACCCACAGTGAAC

BCOR/RARa-R:GTGGTAGCCTGAGGACTTGT

BCOR/RARa-Probe:FAM-AGACCCAGAGCAGCAGTTCTGAAGAGA-TAMRA