[发明专利]一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的132bp处，多态性为G/T。本发明方案利用所述分子标记，可以快速准确的检测辣椒的疫病抗性，可用于分子标记辅助选择育种，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的筛选抗性品种，加快辣椒抗疫病新品种的选育进程。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

辣椒(Capsicum annuum L.)是一种广泛种植的蔬菜。辣椒疫霉菌(Phytophthoracapsici Leonian)是一种病原真菌，最早在美国发现，可侵染辣椒的根、茎、叶、果，目前已在多个国家和地区的辣椒种植区传播，成为威胁辣椒生产的主要病害。疫霉菌可在土壤中长期存活，一旦传入辣椒种植区就难以根治。生产上常用的化学药剂不仅无法根治辣椒疫病，还会使病菌产生抗药性，增加疫病的防治难度。

相比化学药剂防治，培育辣椒抗疫病品种具有安全、环保等特点，在防治疫病方面具有突出优势。目前，相关技术已定位出多个与疫病抗性相关的数量性状基因座(QTL)。但是，辣椒疫病抗性的鉴定需要人为接种相应病菌，易受外界因素影响，测定数据可能出现偏差。目前，可用于辣椒抗疫病品种选育的分子标记较少，并且这些分子标记需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，大大的限制了抗疫病新品种的选育进程。因此，开发辣椒疫病连锁的SNP分子标记，可快速高通量的筛选抗病品种，加快新品种的选育进程，对减少辣椒疫病带来的产量损失具有重要意义。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种与辣椒疫病抗性连锁的SNP分子标记。

本发明还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。

本发明还提出一种试剂盒。

本发明还提出一种基因芯片。

本发明还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。

本发明还提出上述SNP分子标记的检测方法。

根据本发明的第一方面实施方式的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列的132bp处，多态性为G/T。

根据本发明第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。

在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。

根据本发明的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的通用引物序列。

在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。

在本发明的一些实施方式中，所述引物组在辣椒基因型检测中的应用。

根据本发明第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。

根据本发明第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。

根据本发明的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：

(1)在鉴定或辅助鉴定待测辣椒的辣椒疫病抗性中的应用；

(2)在制备鉴定或辅助鉴定待测辣椒的辣椒疫病抗性的产品中的应用；

(3)在选育具有高等辣椒疫病抗性的辣椒中的应用；