[发明专利]一种高通量测序杂合度降低风险注释方法及系统

说明书

本发明公开了一种高通量测序杂合度降低风险注释方法，对家系三样本高通量测序数据先证者位点进行杂合度降低风险筛选并对遗传来源标记，包括对先证者纯合位点进行风险标记，对位点的遗传来源进行同时标记，具体筛选和标记为：对测序质量可靠及人群频率纯合的新发变异进行筛选标记，即对纯合的父母都没有的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的只遗传父亲的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的只遗传母亲的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的父母都有的变异进行筛选标记；本发明还公开了一种高通量测序杂合度降低风险注释系统，分析效率高，逻辑清晰，检出率高。

技术领域

本发明涉及数据分析技术领域，特别涉及一种高通量测序杂合度降低风险注释方法及系统。

背景技术

人类染色体是由23对常染色体和2条性染色体组成，对于性染色体，男性为XY，女性为XX。在正常的情况下，成对的染色体一条来自父本，另一条来自母本，称为同源染色体。

染色体是由DNA卷绕在组蛋白上形成的线状结构，可以利用高通量测序技术对染色体上的DNA进行测序进而获得DNA序列。其中全外显子组测序是高通量测序技术常用的一种，可以检测基因组中约2万个基因。检测到的基因变异有的是纯合，即同源染色体上相同位点等位基因相同，而有的是杂合，即同源染色体上相同位点等位基因相同。杂合度是指某一基因座上的等位基因是杂合体的频率，正常情况下变异都是分别遗传自父母，随机出现，杂合度是比较恒定的，当纯合连续出现，则提示可能存在杂合度降低的现象。其中，当纯合的变异只遗传自父母一方，即该位点只有父母一方有该变异时，提示可能存在大片段杂合缺失或单亲二倍现象，进一步导致杂合度降低。杂合度降低是导致基因疾病的重要病因之一，目前尚没有对测序数据进行直接风险提示的注释的方法和系统。

发明内容

本发明的目的旨在至少解决所述技术缺陷之一。

为此，本发明的目的在于提出一种高通量测序杂合度降低风险注释方法及系统。

为了实现上述目的，本发明的实施例提供一种高通量测序杂合度降低风险注释方法，对家系三样本高通量测序数据先证者位点进行杂合度降低风险筛选并对遗传来源标记，包括对先证者纯合位点进行风险标记，对位点的遗传来源进行同时筛选标记；对位点的遗传来源进行同时筛选标记具体为：对测序质量可靠及人群频率纯合的新发变异进行筛选标记，即对纯合的父母都没有的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的只遗传父亲的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的只遗传母亲的变异进行筛选标记；对测序质量可靠及人群频率纯合的父母都有的变异进行筛选标记。

优选的是，测序质量可靠具体为测序得到的碱基总量与基因组大小的比值不小于25X。

在上述任一方案中优选的是，如果与纯合的只遗传自父亲的变异或纯合的只遗传自母亲的变异和变异标记连续出现时，则提示长片段或整条染色体杂合缺失或单亲遗传片段或单亲二倍体，进而提示杂合度降低。

在上述任一方案中优选的是，对测序质量可靠及人群频率纯合的新发变异进行筛选标记，具体为：

设置S1条件:先证者变异位点杂合或纯合列等于纯合，公共数据库人群频率小于或等于0.05，先证者变异位点覆盖深度等于或大于25，本地数据库频率小于0.05，先证者GATK的过滤标签等于PASS，父亲变异位点杂合或纯合列为空值，母亲变异位点杂合或纯合列为空值。

对符合S1条件的变异进行筛选，筛选到的变异标记为测序质量可靠及人群频率纯合的新发变异。

在上述任一方案中优选的是，对测序质量可靠及人群频率纯合的只遗传父亲的变异进行筛选标记，具体为：

设置S2条件:先证者变异位点杂合或纯合列等于纯合，公共数据库人群频率小于或等于0.05，先证者变异位点覆盖深度等于或大于25，本地数据库频率小于0.05，先证者GATK的过滤标签等于PASS，父亲变异位点杂合或纯合列不为空值，母亲变异位点杂合或纯合列为空值。