[发明专利]一种基因突变位点的定位方法

说明书

本发明属于生物技术领域，公开了一种基因突变位点的定位方法，包括以下步骤：将核酸片段N1‑N2‑UMI‑N3配置于不同的第一微反应器中，使每个第一微反应器中配置的核酸片段包括不同的UMI标签序列；将包含基因突变位点的样本中的每个模板和核酸片段N1‑N2‑UMI‑N3配置于不同的第二微反应器中；扩增模板得扩增产物，使位于一个第二微反应器中的扩增产物携带有相同的UMI标签序列，通过比对UMI标签序列即可判断扩增产物是否来源于同一个模板，进而判断基因突变位点在模板上的定位，解决了测序过程中无法判断不同的突变位点是否来源于同一模板的问题。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基因突变位点的定位方法。

背景技术

基因突变是基因组DNA分子发生的突然的、可遗传的变异现象。基因突变是导致很多遗传性疾病的主要原因，随着基因测序技术的发展，使得测序得到特定的基因突变位点成为可能，准确预测这些基因突变位点与遗传疾病的关联无疑为遗传疾病的诊断提供了新思路，这就需要先对这些基因突变位点定位。

当样品中存在多个基因突变，需要定位其是否来源于同一条模板时：若多个基因突变在基因组上的位置相距几百bp，一代测序可以判断其是否来源于同一条模板；若多个基因突变在模板上的位置相距几千到几万bp，Pacbio三代测序可以判断其是否来源于同一条模板，但是Pacbio三代测序仪目前市场普及度远远不如二代测序仪，且其进行目标区域测序判断突变位置时，建库步骤复杂、成本高、起始模板投入量高；若多个基因突变在模板上的位置达到几十万bp时，还没有相对成熟且准确的方法判断其是否来源于同一条模板。基于此，提供一种基因突变位点的定位方法显得尤为重要。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种基因突变位点的定位方法，使来源于不同模板的扩增产物携带不同的特异性分子标签UMI，进行二代测序，通过判断不同的扩增产物携带的UMI标签的序列即可分辨各扩增产物是否扩增自同一模板，进而可对基因突变位点进行定位。

说明书中提到的核酸片段的反向均为5’-3’。

根据本发明的一个方面，提出了一种基因突变位点的定位方法，包括以下步骤：

S1：提供第一油相和第一水相，所述第一水相为制备核酸片段N1-N2-UMI-N3(5’-3’)的反应体系，混合所述第一油相和所述第一水相形成第一微反应器，将所述核酸片段N1-N2-UMI-N3配置于不同的所述第一微反应器中，使每个所述第一微反应器中配置的所述核酸片段上的UMI标签序列不同；其中所述UMI标签序列为包括8～12个碱基的随机序列，N1、N2和N3分别为包括13～20个碱基的固定序列；

S2：提供包含基因突变位点的样本，将所述样本中的每个模板和所述核酸片段N1-N2-UMI-N3配置于不同的第二微反应器中；

S3：扩增所述模板得扩增产物，使位于一个所述第二微反应器中的所述扩增产物携带相同的所述UMI标签序列，比对所述UMI标签序列，若所述UMI标签序列相同，则所述扩增产物来源于同一个所述模板；若所述UMI标签序列不同，则所述扩增产物来源于不同的所述模板；进而判断所述基因突变位点在所述模板上的定位。

根据本发明的一种优选的实施方式，至少具有以下有益效果：

本发明将样本中的每条模板配置在不同的微反应器中，并在每个微反应器中配置一种UMI标签序列，使每个微反应器中的扩增产物(即来源于同一模板)携带相同的UMI标签序列，各个微反应器之间的扩增产物(即来源于不同的模板)携带不同的UMI标签序列，根据UMI标签序列即可分辨基因突变位点来源于哪条模板，解决了测序过程中无法判断不同的突变位点是否来源于同一模板的问题。

在本发明的一些实施方式中，所述核酸片段N1-N2-UMI-N3是以核酸片段N2-UMI-N3为模板，载体-N1-N2为上游引物，核酸片段N3’为下游引物经乳液PCR获得的。