[发明专利]试剂盒、系统和流通池

说明书

公开了一种试剂盒的示例，其包括文库制备流体、样品流体和富集流体。文库制备流体包括文库制备珠粒，其中每个文库制备珠粒包括第一固体载体和附接至第一固体载体的转座体。流体包括基因组脱氧核糖核酸序列。富集流体包括靶捕获珠粒，其中每个靶捕获珠粒包括第二固体载体和附接至第二固体载体的捕获探针。这些捕获探针中的每个捕获探针包括与样品流体中的基因组脱氧核糖核酸的靶向区域互补的单链脱氧核糖核酸序列。

相关申请的交叉引用

本申请要求2020年1月27日提交的美国临时申请序列号62/966,351的权益，该临时申请的内容全文以引用方式并入本文。

背景技术

流通池用于多种方法和应用(诸如基因测序、基因分型等)中。在一些方法和应用中，希望由双链DNA(dsDNA)靶分子产生片段化和带标签的脱氧核糖核酸(DNA)分子的文库。通常，目的是由较大dsDNA分子生成较小DNA分子(例如，DNA片段)以用作DNA测序反应中的模板。这些模板可使得能够获得短读取长度。在数据分析过程中，可以将重叠短序列读段进行比对，以重建较长的核酸序列。在一些情况下，可以使用预测序步骤(诸如对特定核酸分子进行条形码编码)来简化数据分析。

发明内容

本文所公开的第一方面是一种试剂盒，其包括：包括文库制备珠粒的文库制备流体，每个文库制备珠粒包括第一固体载体和附接至第一固体载体的转座体；包括基因组脱氧核糖核酸序列的样品流体；和包括靶捕获珠粒的富集流体，每个靶捕获珠粒包括第二固体载体和附接至第二固体载体的捕获探针，所述捕获探针中的每个捕获探针包括与样品流体中的基因组脱氧核糖核酸的靶向区域互补的单链脱氧核糖核酸序列。

本文所公开的第二方面是另一种试剂盒，其包括：将RNA转化为cDNA的子试剂盒；和包括靶捕获珠粒的富集流体，每个靶捕获珠粒包括固体载体和附接至固体载体的捕获探针，所述捕获探针中的每个捕获探针包括与使用将RNA转化为cDNA的子试剂盒产生的cDNA的靶向区域互补的单链脱氧核糖核酸序列。

本文所公开的第三方面是一种系统，其包括：基底；限定在所述基底上的第一区域处的制备通道，所述制备通道包括用于固定文库制备珠粒的制备捕获位点；限定在所述基底上的第二区域处且在所述制备通道下游的富集通道，所述富集通道包括扩增引物和用于固定靶捕获珠粒的富集捕获位点；以及输送通道，所述输送通道选择性地且以流体方式连接所述制备通道和所述富集通道。

本文所公开的第四方面是一种流通池，其包括：限定在两个表面之间的富集通道，所述富集通道包括附接至所述两个表面中的至少一个表面的扩增引物和固定在所述两个表面中的至少一个表面上的靶捕获珠粒，每个靶捕获珠粒包括固体载体和附接至固体载体的捕获探针，所述捕获探针中的每个捕获探针包括与基因组脱氧核糖核酸的靶向区域或互补脱氧核糖核酸的靶向区域互补的单链核酸序列。

本文所公开的第五方面是一种方法，其包括：将靶捕获珠粒引入到富集通道中，该富集通道包括至少一个含有扩增引物和富集捕获位点的表面，由此靶捕获珠粒中的至少一些变得固定在富集捕获位点处，所述靶捕获珠粒中的每个靶捕获珠粒包括固体载体和附接至固体载体的捕获探针，所述捕获探针中的每个捕获探针包括与基因组脱氧核糖核酸的靶向区域或互补脱氧核糖核酸的靶向区域互补的单链核酸序列。

应当理解，这些方面中的任一个方面的任何特征可以以任何期望的方式组合在一起。此外，应当理解，第一方面和/或第二方面和/或第三方面和/或第四方面和/或第五方面的特征的任何组合可以与本文所公开的任何示例组合，以实现本公开中所述的益处，包括例如对流通池富集的益处。

附图说明

通过参考以下具体实施方式和附图，本公开的示例的特征将变得显而易见，其中类似的附图标号对应于类似但可能不相同的部件。为了简洁起见，具有先前描述的功能的附图标号或特征可结合或可不结合它们出现的其他附图来描述。

图1A是流通池的一个示例的顶视图；