[发明专利]跟踪单细胞进化的系统和方法在审
| 申请号： | 202180022698.5 | 申请日： | 2021-03-19 |
| 公开（公告）号： | CN115298309A | 公开（公告）日： | 2022-11-04 |
| 发明（设计）人： | X·叶;M·T-W·张 | 申请（专利权）人： | 基因泰克公司 |
| 主分类号： | C12N15/01 | 分类号： | C12N15/01;C12N5/071;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京世峰知识产权代理有限公司 11713 | 代理人： | 王建秀;关越 |
| 地址： | 美国加利*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 跟踪 单细胞 进化 系统 方法 | ||
1.一种用于筛选细胞的性状的方法，所述方法包括：
(a)获得多个带条形码的细胞，其中每个带条形码的细胞包含单个唯一条形码；
(b)对所述多个带条形码的细胞的子集执行RNA和/或DNA的第一测序；
(c)在选择压力的存在下培养所述多个带条形码的细胞达第一时间段，从而形成第一多个细胞；
(d)对所述第一多个细胞的子集执行RNA和/或DNA的第二测序；
(e)在所述选择压力的存在下培养所述第一多个细胞达第二时间段，从而形成第二多个细胞；
(f)对所述第二多个细胞的至少一个子集执行RNA和/或DNA的第三测序；以及
(g)确定在所述第一测序、所述第二测序和/或所述第三测序中所测序的条形码的水平。
2.一种用于筛选细胞对治疗剂的响应性状的方法，所述方法包括：
(a)获得多个带条形码的细胞，其中每个带条形码的细胞包含单个唯一条形码；
(b)对所述多个带条形码的细胞的子集执行RNA和/或DNA的第一测序；
(c)在所述治疗剂的存在下培养所述多个带条形码的细胞达第一时间段，从而形成第一多个细胞；
(d)对所述第一多个细胞的子集执行RNA和/或DNA的第二测序；
(e)将所述第一多个细胞与所述治疗剂一起培养达第二时间段，从而形成第二多个细胞；
(f)对所述第二多个细胞的子集执行RNA和/或DNA的第三测序；以及
(g)确定在所述第一测序、所述第二测序和/或所述第三测序中所测序的条形码的水平。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中在步骤(b)或步骤(c)之前，在培养物中扩增步骤(a)的所述多个带条形码的细胞。
4.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述多个带条形码的细胞在步骤(a)之前已经在培养物中扩增。
5.根据上述权利要求中任一项所述的方法，其中重复步骤(e)和(f)达一次或多次迭代，从而形成一组或多组后续多个细胞并由此对所述多个细胞的子集执行一次或多次后续测序。
6.根据权利要求5所述的方法，其中步骤(g)进一步包括确定在所述一次或多次后续测序中所测序的条形码的水平。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述多个带条形码的细胞包括多个克隆群体，其中单个克隆群体内的每个细胞包含相同的单个唯一条形码。
8.根据权利要求7所述的方法，其中每个克隆群体中细胞的相对丰度约等于步骤(a)中每个其他克隆群体中细胞的数量。
9.根据权利要求7所述的方法，其中每个克隆群体中细胞的相对丰度是相对于在第一测序步骤中所确定的包含每个条形码的细胞的数量来确定的。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中确定在所述第一测序、所述第二测序和/或所述第三测序中所测序的两个或更多个条形码的水平。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其进一步包括鉴定在所述第一多个细胞和/或所述第二多个细胞和/或一组或多组后续多个细胞中富集的条形码。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述条形码与所述第一多个细胞和/或所述第二多个细胞和/或一组或多组后续多个细胞中的一个或多个其他条形码相比是富集的。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述条形码与所述多个带条形码的细胞中所述条形码的量相比是富集的。
14.根据权利要求11至13中任一项所述的方法，其进一步包括鉴定在包含富集的条形码的细胞中具有较高表达水平的一种或多种基因。
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