[发明专利]用于检测病毒序列的组合物、试剂盒和方法

权利要求书

1.一种用于扩增SARS-CoV-2基因组中的三种不同靶序列的组合物，其包含：

(a)第一正向引物和第一反向引物，所述第一正向引物和所述第一反向引物被配置为扩增存在于所述SARS-CoV-2基因组的第一靶区域中的第一靶序列，其中所述第一靶序列包括所述第一靶区域的至少10个连续核苷酸；

(b)第二正向引物和第二反向引物，所述第二正向引物和所述第二反向引物被配置为扩增存在于所述SARS-CoV-2基因组的第二靶区域中的第二靶序列，其中所述第二靶序列包括所述第二靶区域的至少10个连续核苷酸；和

(c)第三正向引物和第三反向引物，所述第三正向引物和所述第三反向引物被配置为扩增存在于所述SARS-CoV-2基因组的第三靶区域中的第三靶序列，其中所述第三靶序列包括所述第三靶区域的至少10个连续核苷酸；

其中所述第一靶区域、所述第二靶区域和所述第三靶区域与bat-SL-CoVZC45中的类似区域各自具有小于50％的相似性。

2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述第一靶区域是SEQ ID NO:1。

3.根据权利要求1和2所述的组合物，其中所述第二靶区域是SEQ ID NO:2。

4.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述第三靶区域是SEQ ID NO:3。

5.根据权利要求1所述的组合物，其中所述第一靶区域在SARS-CoV-2的N基因内。

6.根据权利要求1或5所述的组合物，其中所述第二靶区域在SARS-CoV-2的S基因内。

7.根据权利要求1、5或6所述的组合物，其中所述第三靶区域在SARS-CoV-2的ORF1ab基因内。

8.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其进一步包括核酸样本、聚合酶、缓冲液和核苷酸。

9.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其进一步包括含有第一标记的第一探针，所述第一标记是荧光标记或其它可检测标记。

10.根据权利要求9所述的组合物，其中所述第一探针的所述第一标记是荧光标记，并且所述探针进一步包括淬灭所述荧光标记的淬灭剂。

11.根据权利要求9或10所述的组合物，其进一步包括有包括第二荧光标记的第二探针和包括第三荧光标记的第三探针。

12.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述第一正向引物和所述第一反向引物选自SEQ ID NO:248和487，或211和501或510。

13.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述第二正向引物和所述第二反向引物选自SEQ ID NO:5和441，或100和337。

14.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述第三正向引物和所述第三反向引物选自SEQ ID NO:4和320，或34和423，或160和468。

15.根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其进一步包括用于扩增的阳性对照，其中所述阳性对照是包含来自所述SARS-CoV-2ORF1ab基因、所述S蛋白基因和所述N蛋白基因的靶区域的合成质粒。

16.一种用于检测生物样本中SARS-CoV-2的方法，其包含：

(a)提供含有至少一部分所述生物样本和前述权利要求所述的任何组合物的反应混合物；

(b)使所述反应混合物经受扩增条件，从而形成一种或多种扩增产物；和

(c)检测所述扩增产物中的至少一种。