[发明专利]缺陷干扰病毒基因组

权利要求书

1.一种产生缺陷干扰病毒基因组(DVG)的方法，所述方法包括：

提供第一组至少三种复制的体外细胞培养物，其包含固体载体和以高感染复数(MOI)感染参照感染性病毒的细胞；

提供第二组至少三种复制的体外细胞培养物，其包含固体载体和以低感染复数(MOI)感染参照感染性病毒的细胞；

在诱变条件下，将第一组和第二组复制的体外细胞培养物培养至少5代；

从第一组和第二组体外复制的细胞培养物的培养基中收集多种DVG候选；

对所收集的DVG候选进行深度测序；和

从所述多种DVG候选中选择DVG。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

提供第三组至少三种复制的体外细胞培养物，其包含固体载体和以高感染复数(MOI)感染参照感染性病毒的细胞；和/或

提供第四组至少三种复制的体外细胞培养物，其包含固体载体和以低感染复数(MOI)感染参照感染性病毒的细胞；和

在非诱变条件下，将第三组和/或第四组复制的体外细胞培养物培养至少5代。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，从所述多种DVG候选中选择DVG包括：

将所述DVG候选的序列与所述参照感染性病毒的基因组序列进行比较；

识别具有包含至少一个剪接事件的基因组的至少一种DVG候选，其中所述剪接事件是缺失或重排；

在已测序的DVG候选基因组群中确定具有至少一个剪接事件的基因组的至少一种DVG候选的相对频率；和，

选择至少一种DVG，其中：

a)至少一个剪接事件在高MOI培养物中比在低MOI培养物中更丰富；和/或

b)至少一个剪接事件出现在至少2、3、4、5、6、7、8或9种不同的细胞系中；和/或，

c)在至少5、10、15或20次传代后，在至少12、24或36次独立复制的至少3次中发现至少一个剪接事件；和/或，

d)至少一个剪接事件是缺失事件，并且所述缺失的核苷酸大小是至少40、42、50、100、150、200、400、600或1000个核苷酸；和/或，

e)保持所述DVG中的开放阅读框；和/或，

f)病毒复制所需的结构域和功能在所述DVG中保持；和/或

g)所述DVG包含至少一种降低所述参照感染性病毒自我复制能力的突变。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述DVG的特征在于对所述参照感染性病毒的体外抑制活性为至少50％、60％、70％、80％或90％。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述参照感染性病毒具有增变基因表型。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述参照感染性病毒为基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)、肠道病毒71型(EV71)、鼻病毒(RV)、黄热病病毒(YFV)、西尼罗河病毒(WNV)或冠状病毒(CV)。

7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述参照感染性病毒选自由以下组成的组：CHIKV印度洋谱系(GenBank登录号AM258994)、CHIKV加勒比海毒株(GenBank登录号LN898104.1)、ZIKV非洲毒株MR766(KY989511.1)、EV71 Sep006(GenBank：KX197462.1)、RV-A01a(NC_038311.1)、RV-A16(L24917.1)、RV-B14(L05355.1)、RV-C15(GU219984.1)、西尼罗河病毒以色列1998和YFV毒株，黄热病病毒Asibi(YF-Asibi)毒株、黄热病毒疫苗(YF-17D)毒株和冠状病毒SARS-CoV-2毒株。