[发明专利]鉴定染色体外DNA特征的方法

权利要求书

1.一种治疗癌症的方法，所述方法包括：(a)获得源自被诊断或怀疑患有癌症的对象的生物样品的生物标志物数据；(b)将所述样品的ecDNA状态分类为ecDNA阳性或ecDNA阴性；以及(c)基于所述ecDNA状态确定治疗计划。

2.根据权利要求1所述的方法，其中当所述样品为ecDNA阳性时，所述治疗计划不包括施用免疫检查点抑制剂。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中当所述样品为ecDNA阳性时，所述治疗计划不包括施用免疫检查点抑制剂作为一线治疗。

4.根据权利要求1所述的方法，其中当所述样品为ecDNA阴性时，所述治疗计划包括施用免疫检查点抑制剂。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述生物标志物数据选自核酸拷贝数、共扩增的基因、基因融合、片段长度、SNP/SNV频率、插入缺失频率、插入缺失位置、功能通路突变、微卫星不稳定性、肿瘤炎症评分、PD-L1表达或肿瘤突变负荷。

6.一种对对象对免疫检查点治疗的响应性潜力进行分类的方法，所述方法包括确定取自所述对象的样品的ecDNA阳性状态，其中基于ecDNA特征的阈值确定所述ecDNA阳性状态；以及当所述样品低于所述ecDNA阳性状态的阈值时，将所述对象分类为潜在响应于免疫检查点治疗。

7.一种对对象对免疫检查点治疗的无响应性潜力进行分类的方法，所述方法包括确定取自所述对象的样品的ecDNA阳性状态，其中基于ecDNA特征的阈值确定所述ecDNA阳性状态；以及当所述样品高于所述ecDNA阳性状态的阈值时，将所述对象分类为潜在不响应于免疫检查点治疗。

8.根据权利要求6或权利要求7所述的方法，其中所述ecDNA特征选自核酸拷贝数、共扩增的基因、基因融合、片段长度、SNP/SNV频率、插入缺失频率、插入缺失位置、功能通路突变、微卫星不稳定性、肿瘤炎症评分、PD-L1表达或肿瘤突变负荷。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述样品包含肿瘤细胞、循环肿瘤细胞、循环囊泡或循环肿瘤DNA。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述样品是血液、血清、血浆、淋巴液、胸腔积液、唾液、尿液、粪便、组织、切除的肿瘤或其组合。

11.一种检测ecDNA阳性癌症的方法，所述方法包括：(a)确定来自样品的DNA的限定区域内的碱基置换或插入缺失的第一频率；(b)生成所述第一频率与对照频率的比较；以及(c)基于所述比较对所述样品的ecDNA状态进行分类。

12.根据权利要求11所述的方法，其中与所述对照频率相比所述第一频率的增加指示ecDNA阳性样品。

13.根据权利要求11所述的方法，其中(c)还包括评估一种或多种ecDNA特征的存在以及基于所述一种或多种ecDNA特征和频率的比较对所述ecDNA状态进行分类。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述一种或多种ecDNA特征选自核酸拷贝数、共扩增的基因、基因融合、片段长度、SNP/SNV频率、插入缺失频率、插入缺失位置、功能通路突变、微卫星不稳定性、肿瘤炎症评分、PD-L1表达或肿瘤突变负荷。

15.一种评估癌症治疗的进展的方法，所述方法包括：(a)确定来自对象的第一样品的DNA的限定区域内的碱基置换或插入缺失的第一频率；(b)确定来自所述对象的第二样品的DNA的所述限定区域内的碱基置换或插入缺失的第二频率，其中所述第二样品在用靶向癌症治疗剂治疗之后获得；以及(c)将所述第一频率与第二频率进行比较以鉴定所述样品的ecDNA状态的变化。