[发明专利]在单细胞水平上评估载体转导效率和/或特异性的方法

权利要求书

1.一种在单细胞水平上评估载体的转导效率和/或特异性的方法，所述方法包括：

a)提供多个不同的载体；

b)用所述多个不同的载体转导异质细胞群；

c)将所述异质细胞群分隔成多个区室，其中每个区室包含来自所述异质细胞群的单细胞；

d)对每个分隔的细胞进行核苷酸测序；

e)在每个分隔的细胞中检测所述不同的载体中的任一者或多者的存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括：

f)基于使用步骤d)中获得的测序结果确定的每个分隔的细胞的基因表达模式和/或表观遗传特征，将所述细胞分类为特定的细胞类型。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中特定载体对特定细胞类型的转导效率通过所述特定细胞类型的已被检测出对于所述特定载体的存在呈阳性的细胞的百分比来确定。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中特定载体对特定细胞类型的转导效率通过将在所述特定细胞类型的细胞中检测到所述特定载体存在的频率与在所述特定细胞类型的细胞中检测到另一载体存在的频率进行比较来评估。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中特定载体对特定细胞类型相对于另一细胞类型的转导特异性通过将在所述特定细胞类型的细胞中检测到所述特定载体存在的频率与在另一特定细胞类型的细胞中检测到所述特定载体存在的频率进行比较来评估。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多个不同的载体中的每一者包含寡核苷酸条形码序列，其中任意两个不同载体之间的所述条形码序列不同。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述条形码序列位于所述载体中的表达盒上，其中所述盒的表达使得产生包含所述条形码序列的RNA分子，其中所述RNA分子还包含聚腺苷酸尾。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述条形码序列位于所述RNA分子的允许对所述条形码序列进行测序的区域上。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述条形码序列在距所述聚腺苷酸尾98个核苷酸的距离内。

10.根据权利要求6至9中任一项所述的方法，其中所述条形码序列的长度为5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个、29个、30个核苷酸。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述条形码序列的长度为8个核苷酸。

12.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述多个不同的载体中的每一者包含标记物多核苷酸，其中任意两个不同的载体之间的所述标记物多核苷酸不同；并且其中所述标记物多核苷酸编码一种或多种蛋白质，所述一种或多种蛋白质在表达时形成包封所述标记物多核苷酸的蛋白质包膜，使得在所述载体转染后，每种标记物多核苷酸被所述标记物多核苷酸编码的所述一种或多种蛋白质包封。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述标记物多核苷酸位于所述载体中的表达盒上，其中所述盒的表达使得产生包含所述标记物多核苷酸的RNA分子，其中所述RNA分子还包含聚腺苷酸尾。

14.根据权利要求12或13所述的方法，其中所述标记物多核苷酸是病毒衣壳编码基因，其中由所述标记物多核苷酸表达的衣壳包封所述标记物多核苷酸。

15.根据权利要求12至14中任一项所述的方法，其中所述病毒衣壳编码基因具体是AAV衣壳编码基因。