[发明专利]核酸人工微型蛋白质组文库

说明书

本文提供了核酸人工微型蛋白质组文库以及制备和使用此类文库的方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2020年5月26日提交的美国临时专利申请序列号63/030,056的优先权权益，所述美国临时专利申请特此通过引用整体并入。

背景技术

富含编码开放阅读框的序列的核酸人工微型蛋白质组文库的可用性将具有许多不同的潜在应用。例如，此类文库对于生产疫苗，并且具体地是癌症疫苗是有价值的。

疫苗在治疗癌症方面有着悠久的历史。癌症疫苗通常由肿瘤抗原和免疫刺激分子(例如，细胞因子或TLR配体)组成，它们共同作用以激活识别和裂解肿瘤细胞的抗原特异性细胞毒性T细胞(CTL)。此类疫苗通常含有共有或患者特异性肿瘤抗原或全肿瘤细胞制剂。共有肿瘤抗原是免疫原性蛋白，在许多个体的肿瘤中选择性表达，并且通常作为合成肽、重组蛋白、RNA或DNA载体递送到患者。已经用于疫苗的患者特异性肿瘤抗原由具有肿瘤特异性突变的蛋白质组成，所述肿瘤特异性突变导致氨基酸序列改变。此类突变的蛋白质有可能：(a)独特地标记肿瘤(相对于非肿瘤细胞)，以便被免疫系统识别和破坏；以及(b)避免中枢和有时外周T细胞耐受，并且从而被更有效、高亲合力的T细胞受体识别。全肿瘤细胞制剂含有肿瘤细胞中的所有潜在抗原，并且可以作为自体辐射细胞、细胞裂解物、细胞融合物、热休克蛋白制剂或总mRNA(或对应于总mRNA的cDNA/DNA载体)递送到患者。当从自体患者中分离出完整的肿瘤细胞时，所述细胞表达患者特异性肿瘤抗原以及共有肿瘤抗原。

来自细胞的总mRNA已被用于制备基于总细胞蛋白质组的癌症疫苗。然而，此类mRNA样品经常会断裂，具体地是当它是从石蜡包埋(FFPE)样品中获得时。使用来自肿瘤细胞的断裂mRNA作为癌症疫苗的一个问题是，大多数RNA片段不在有效翻译的正确阅读框架内。因此，仍然需要富含可用于生产癌症疫苗的开放阅读框片段的改进的核酸微型蛋白质组文库。具体地，仍然需要制备改进的核酸微型蛋白质组文库，用于基于每个个体中的蛋白质组的组成制备个体疫苗。

发明内容

本文提供了与制备核酸文库相关的组合物和方法，所述核酸文库从细胞的断裂RNA中富集含有框内编码区的序列。此类文库代表细胞的微型蛋白质组，使得所述文库中的核酸可以转移到合适的宿主细胞中以表达微型蛋白质组。在某些实施例中，此类微型蛋白质组核酸文库可用作肿瘤疫苗和/或用于制备肿瘤疫苗，具体地是由个体的肿瘤RNA制备的个体肿瘤疫苗。

在某些方面，本文提供了从RNA转录物群体或从细胞RNA片段群体(例如，来自肿瘤)中富集框内编码区片段文库的方法。在一些方面，本文提供了产生肿瘤疫苗的方法或使用产生的肿瘤疫苗治疗患有肿瘤的患者的方法。在某些方面，本公开涉及经纯化的多肽连接的RNA复合物文库、扩增产物和载体，其包括富集的框内编码片段序列、肿瘤疫苗和其药物组合物。