[发明专利]表征巨噬细胞及其方法

说明书

本申请提供表征受试者组织中巨噬细胞的方法，其中所述方法包括确定巨噬细胞中一种或多种生物标志物的表达，其中所述一种或多种生物标志物选自Folr2、SerpinaSi、Nid2、Slc27a6、SemaSa、Cdh13、Bcl6b、C6、Klf15、Marco、Cd209d、Tshz3、Bmpr1a、Tln2、Coro2b、Ackr2、1110046J04Rik、Pcdhac2、Gm2253、Vsig4、Phactrt、NpM、CpneS、Angptl7、Gm26714、Auts2、Cxcl13、Sgce、2900052N01Rik、Cd209b、Timd4、Cd209g、Mrd(CD206)、Spp1、Il22ra2、Gm24112、Gm23010、Ighv7‑1、Gm23628、Gm24620、Gm23058、Arhgef37、Gad1‑ps、Gm26397、Ighv2‑5、Chil3、Mir1934、1810012K08Rik、Ighv1‑59、Gm14119、Gm19620和Snord71。在一个实施方案中，巨噬细胞可以是胚胎衍生的巨噬细胞和/或长寿组织定居巨噬细胞。在另一实施方案中，巨噬细胞可以是单核细胞衍生的巨噬细胞。本申请还公开在受试者中诊断疾病的方法、治疗疾病的方法和用于涉及确定表达所述生物标志物中的一种或多种的巨噬细胞的用途的试剂盒。

技术领域

本公开内容广泛涉及表征受试者组织中巨噬细胞的方法。本公开内容还涉及在有需要的受试者中对疾病进行分类或分层的方法。

背景技术

150多年前，Rudolf Virchow观察到肿瘤被免疫细胞浸润，他称之为“淋巴网状浸润”。但这一观察结果有点随时间流逝而被遗忘，基于抗癌的策略，例如化疗和放疗，并没有使用太多该生物观察结果。然而，随着免疫疗法的出现，肿瘤相关免疫细胞又回到了关注的前沿。

肿瘤微环境(TME)中最丰富的免疫细胞是巨噬细胞(肿瘤相关巨噬细胞/TAM)，并且本领域中了解到巨噬细胞的高水平存在与患者不良预后之间明显正相关。巨噬细胞的一个显著特征是其高可塑性和在组织中可发挥的众多功能。此外，巨噬细胞的起源相对多样，胚胎衍生的巨噬细胞和成人循环单核细胞衍生的巨噬细胞之间的平衡具有强烈的组织依赖性。因此，以详尽的方式理解巨噬细胞的促肿瘤作用仍然具有挑战性。因此，需要提供表征受试者组织中巨噬细胞的方法。

发明内容

在一个方面，提供了表征受试者组织中巨噬细胞的方法，所述方法包括确定巨噬细胞中一种或多种生物标志物的表达，其中所述一种或多种生物标志物选自Folr2、Serpina3i、Nid2、Slc27a6、Sema6a、Cdh13、Bcl6b、C6、Klf15、Marco、Cd209d、Tshz3、Bmpr1a、Tln2、Coro2b、Ackr2、1110046J04Rik、Pcdhac2、Gm2253、Vsig4、Phactr1、Npr1、Cpne8、Angptl7、Gm26714、Auts2、Cxcl13、Sgce、2900052N01Rik、Cd209b、Timd4、Cd209g、Mrc1(CD206)、Spp1、Il22ra2、Gm24112、Gm23010、Ighv7-1、Gm23628、Gm24620、Gm23058、Arhgef37、Gad1-ps、Gm26397、Ighv2-5、Chil3、Mir1934、1810012K08Rik、Ighv1-59、Gm14119、Gm19620和Snord71。

在一些实施例中，所述方法进一步包括通过选择表达选自CD64、MerTK、Adgre1、CD11b、CD45、CD68和CD163的一种或多种生物标志物的细胞来检测组织中的巨噬细胞。

在一些实施例中，所述方法进一步包括使用t-SNE(T分布随机邻域嵌入(t-SNE))和/或UMAP算法(统一流形逼近和投影)来确定细胞的特征。

在一些实施例中，基于巨噬细胞的起源来表征巨噬细胞，任选地，所述方法将巨噬细胞表征为胚胎衍生的巨噬细胞、长寿组织定居巨噬细胞和/或单核细胞衍生的巨噬细胞。