[发明专利]用于转座酶可及染色质的单细胞测定

说明书

本文的公开内容包括用于标记DNA(例如，开放染色质相关gDNA)的系统、方法、组合物和试剂盒。方法可以包括使双链DNA(dsDNA)(诸如gDNA)与转座体接触以产生多于一个dsDNA片段，每个dsDNA片段包含第一5’突出端和第二5’突出端。转座体可以包含转座酶、具有第一5’突出端的第一衔接子和具有第二5’突出端的第二衔接子。第一5’突出端可以包含珠寡核苷酸的靶结合区的互补物。第一5’突出端可以包含偶联序列。第二5’突出端可以包含通用序列。在一些实施方案中，提供了包含5’偶联序列的互补物和3’珠寡核苷酸的靶结合区的互补物的偶联寡核苷酸。

相关申请

本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2020年7月31日提交的美国临时专利申请系列第63/059,715号的权益，该相关申请的内容出于所有目的通过引用以其整体并入本文。

背景

领域

本公开内容总体上涉及分子生物学领域，例如使用分子条形码化(molecularbarcoding)确定开放染色质区域。

对相关技术的描述

当前的技术允许通过在每个细胞与条形码化试剂珠在隔室(compartment)中共定位时将细胞特异性寡核苷酸条形码附接至来自个体细胞的多(A)mRNA分子而以大规模并行的方式(例如，10000个细胞)测量单细胞的基因表达。对用于标记和鉴定单细胞基因组的开放染色质区域的系统和方法存在需求。

概述

本文的公开内容包括用于标记DNA的方法。在一些实施方案中，方法包括：使双链脱氧核糖核酸(dsDNA)与转座体接触以产生多于一个dsDNA片段，每个dsDNA片段包含第一5’突出端和第二5’突出端，其中多于一个dsDNA片段中的每个dsDNA片段包含含有第一5’突出端的第一链和含有第二5’突出端的第二链，其中转座体包含转座酶、具有第一5’突出端的第一衔接子和具有第二5’突出端的第二衔接子；以及使用第一多于一个寡核苷酸条形码对多于一个dsDNA片段或其产物进行条形码化，以产生多于一个条形码化DNA片段，其中第一多于一个寡核苷酸条形码中的每个寡核苷酸条形码的3’末端与固体支持物关联，并且其中第一多于一个寡核苷酸条形码中的每个寡核苷酸条形码的5’末端包含能够与多于一个dsDNA片段中的至少一个的第一5’突出端杂交的第一靶结合区。在一些实施方案中，使用第一多于一个寡核苷酸条形码对多于一个dsDNA片段或其产物进行条形码化包括：使dsDNA片段的第一链的第一5’突出端与第一多于一个寡核苷酸条形码中的寡核苷酸条形码的第一靶结合区杂交；以及使所述dsDNA片段的第二链连接到所述杂交的寡核苷酸条形码。方法可以包括：在将第二链连接到寡核苷酸条形码之前，用缺乏5’至3’外切核酸酶活性和3’至5’外切核酸酶活性中的至少一种的DNA聚合酶填充第二链和所述杂交的寡核苷酸条形码之间的缺口。在一些实施方案中，使第二链连接到寡核苷酸条形码使用DNA连接酶来进行。在一些实施方案中，第一5’突出端包含第一靶结合区的互补物。