[发明专利]使用分区和甲基化依赖性核酸酶分析DNA的组合物和方法

权利要求书

1.一种分析样品中DNA的方法，所述方法包括：

a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的DNA；

b)使所述第二子样品与甲基化依赖性核酸酶接触，从而降解所述第二子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第二子样品，并且任选地使所述第一子样品与甲基化敏感性核酸内切酶接触，从而降解所述第一子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第一子样品；以及

c)从所述第一子样品或所述经处理的第一子样品的至少一部分捕获包含表观遗传靶区的第一靶区组，以及从所述经处理的第二子样品的至少一部分捕获包含表观遗传靶区的第二靶区组。

2.一种分析样品中DNA的方法，所述方法包括：

a)从所述样品捕获包含表观遗传靶区的第一靶区组；

b)将所述靶区组分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的DNA；以及

c)使所述第二子样品与甲基化依赖性核酸酶接触，从而降解所述第二子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第二子样品，并且任选地使所述第一子样品与甲基化敏感性核酸内切酶接触，从而降解所述第一子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第一子样品。

3.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括对捕获自或存在于以下中的一个或更多个中的表观遗传靶区进行定量：所述第一子样品、所述经处理的第一子样品、或所述经处理的第二子样品。

4.根据权利要求2所述的方法，其中所述定量包括定量扩增，任选地其中所述定量扩增是定量PCR。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法还包括对所述第一靶区组和所述第二靶区组或所述经处理的第二子样品中的DNA进行测序。

6.根据前一项权利要求所述的方法，其中对所述经处理的第二子样品中的DNA和所述经处理的第一子样品中的DNA进行测序。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述表观遗传靶区包括低甲基化可变靶区组。

8.根据前一项权利要求所述的方法，其中所述低甲基化可变靶区组包括在至少一种类型的组织中具有比来自健康受试者的无细胞DNA中的甲基化程度低的甲基化程度的区域。

9.根据前一项权利要求所述的方法，其中所述方法还包括至少部分地基于所述低甲基化可变靶区组中的区域的序列或量来确定癌症的存在、不存在或可能性。

10.根据权利要求7-9中任一项所述的方法，所述方法还包括至少部分地基于所述低甲基化可变靶区组中的区域的序列或量来对所述样品中的肿瘤DNA进行定量。

11.一种分析样品中DNA的方法，所述方法包括：

a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的DNA；

b)使所述第二子样品与甲基化依赖性核酸酶接触，从而降解所述第二子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第二子样品，并且任选地使所述第一子样品与甲基化敏感性核酸内切酶接触，从而降解所述第一子样品中非特异性分区的DNA以产生经处理的第一子样品；以及

c)从所述第一子样品或所述经处理的第一子样品的至少一部分捕获包含表观遗传靶区的第一靶区组。

12.根据权利要求11所述的方法，所述方法还包括对从所述第一子样品或所述经处理的第一子样品中的一个或更多个捕获的或存在于所述经处理的第二子样品中的表观遗传靶区进行定量。