[发明专利]与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用

说明书

本发明属于辣椒分子育种技术领域，公开了与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用。本发明所述的SNP位点的位置在辣椒P10染色体的第184,011,859位，碱基为T时，则辣椒青果具有紫色条纹，碱基为G时，则辣椒青果不具有紫色条纹特征。本发明还提供了检测辣椒青果紫色条纹的特异CAPS引物CAPS690‑01，可以在苗期准确检测辣椒青果是否具有紫色条纹特征，准确性高，显著提高育种效率并降低育种成本。

技术领域

本发明涉及辣椒分子育种技术领域，具体涉及与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用。

背景技术

色泽是辣椒果实最重要的品质性状之一，对其感官品质和营养品质都有不可替代的贡献。辣椒果实色泽从青熟期到老熟期变化多样，其中紫色的辣椒果实中含有丰富的花青素对人体健康有益。此外，花青素是一种重要的抗氧化性物质，在辣椒抗病、抗逆及果实耐贮性等方面也具有重要的作用。

辣椒中已经鉴定出两个调控未成熟辣椒果实紫色积累的基因，分别为CaAn2和Ca3gt。CaAn2基因编码一个R2R3-MYB转录因子，在紫色辣椒与绿色辣椒中该基因的编码区没有差异，紫色辣椒能够积累花青素的原因是CaAn2基因启动子区中插入了4.3kb的非长末端重复序列反转录转座子而激活CaAn2基因的表达，而使辣椒能够积累花青素。根据CaAn2基因启动子区的差异，获得了与CaAn2基因完全共分离的基因标记A_SCAR(F：5’CACTCCGACTTGTCTTTACGG 3’，P1R：5’TAACTTGAGCCGGGGGTCT 3’，P2R：5’CACG GAAGGAGGCTAGTCAA3’)，可以准确鉴定CaAn2基因型紫色辣椒种质。Ca3gt基因编码一个花青素转运的基因，该基因位于辣椒Chr10染色体CaAn2基因的下游，并获得了一个紧密连锁标记CAPS-78-708(F：5’CATGCCACAAGAAGTTGTAGCACAT 3’，R：5’ACTTTCATCAGAATTAACATCTGAAATAA 3’)，该基因型辣椒的表型特征为仅在未成熟果实上积累花青素而呈现紫色。

本发明涉及的辣椒青果紫色条纹性状，自辣椒幼果时期的果实上开始呈现不均匀分布紫色纵向条纹，类似茄子中的“竹丝茄”，且紫条纹着色不显著受光的诱导。在茄科蔬菜中，除“竹丝茄”的果实果皮呈现紫色条纹外，番茄和辣椒中果实呈现紫色条纹并不常见。因此，应用该紫色条纹性状的辣椒材料开展辣椒品质育种具有重要意义，同时也为丰富辣椒花青素合成与调控机制理论，为辣椒紫色性状研究提供新案例。

发明内容

本发明的目的在于提供检测与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP位点的试剂在辣椒青果紫色条纹育种中的应用。

为了达到上述目的，本发明采取以下技术措施：

本发明通过对青果紫色条纹材料‘竹丝辣椒Chen12’(购自湖北蔬谷农业科技有限公司)和青果非紫色条纹辣椒‘16ZX101-M-1线椒’(李宁,宫丽媛,高升华,尹延旭,余楚英,王飞,陈财,吴君,焦春海,姚明华.辣椒种质的抗性基因分子标记检测[J].中国蔬菜,2020(08):19-32)构建F₂分离群体，利用BSA-seq结合群体作图方法，精细定位并鉴定调控辣椒青果紫色条纹的候选基因，并根据候选基因在紫色条纹和非紫色条纹双亲间的差异，将青果紫色条纹性状相关基因的候选区段定位在辣椒P10号染色体(辣椒CM334参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)物理位置184,002,197至184,365,711区间；根据参考基因组CM334的基因注释信息，在定位区间内确定控制辣椒紫色条纹特征的候选基因。最终筛选出辣椒紫色条纹性状相关的SNP位点，所述的SNP位点在辣椒P10染色体(辣椒CM334参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)的第184,011,859位，碱基为T时，则辣椒青果具有紫色条纹，碱基为G时，则辣椒青果不具有紫色条纹特征。