[发明专利]一种成人脑胶质瘤分子分型NGS panel及其应用

说明书

本发明提供了一种成人胶质瘤分子分型panel，该panel基于二代测序技术设计，针对IDH1、IDH2、CDKN2A、CDKN2B、TERT、EGFR、H3F3A、chr7/chr10、1p/19q、ATRX、TP53、HIST1H3B、HIST1H3C、BRAF等基因的全外显子区域及启动子区域进行检测，制作成本较低、覆盖涉及基因可有效对成人胶质瘤进行分型诊断和预后评估，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及医学检测领域，具体涉及利用一种成人脑胶质瘤分子分型NGS panel及其应用。

背景技术

二代测序(Next-generation sequencing，NGS)又称为高通量测序(High-throughput sequencing)，是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。是对于传统的一代sanger测序的一次创新。二代测序已经成为目前肿瘤基因检测的主要检测技术。与其他检测技术相比，优势明显：

1.检测范围广：传统的Sanger测序仅限于检测基因的错义突变和小插入和缺失。而对于一些大片段缺失如胶质瘤的EGFRVIII突变涉及的2-7号外显子的缺失的检测是无法检测的。而NGS技术在探针设计和生信流程搭建过程中进行一定的部署，可以检测这些大片段缺失。

2.检测费用低：NGS检测技术可以设计一款探针，该款探针可以涵盖多个基因，可以一个平台一次检测多个基因，不涉及多个平台、多次测序，节约成本。

3.测序通量大：二代测序最显著的特征是高通量,一次性能对几十万到几百万条DNA分子进行序列测序。

脑胶质瘤是神经外科最常见的原发性颅内恶性肿瘤，呈浸润性生长，侵袭性强，极易复发，严重影响患者的生存期和生存质量。胶质瘤最早根据肿瘤的组织形态学分类进行分型，可以分为少突胶质细胞瘤、星形细胞瘤等各个亚型。而随着分子生物学与分子遗传学技术在包括胶质瘤的各类肿瘤研究中的应用，已发现一系列对诊断、鉴别诊断及指导分子靶向治疗有实用价值的生物学标志，并根据生物学标志的不同，初步提出了胶质瘤的分子分型。

2016年版世界卫生组织(WHO)中枢神经系统肿瘤分类首次在组织学病理的基础上使用分子病理来进行胶质瘤分类，胶质瘤也正式进入分子诊断时代。在2016年WHO中枢神经系统分类中推荐胶质瘤检测如IDH、1p/19q、H3F3A等分子标志物，根据检测的分子标志物进行分子分型(图一)。而由于这些分子标志物的纳入也出现了一些新的分子亚型，对胶质瘤患者进行更精准分型。随后中国也推出了关于胶质瘤的共识—《2018年胶质瘤诊疗规范》。提出了分子诊断在胶质瘤分型中的应用。

随着对胶质瘤的进一步研究，胶质瘤的更多分子标志物被发现，新的指南也对胶质瘤进行新推荐。cIMPACT-NOW更新以及2021版WHO中枢神经系统肿瘤分类中也是根据胶质瘤的研究提出新的分子标志物检测推荐，同时根据这些新的分子标志物对原有的胶质瘤分型提出了一定的改变，在2021版WHO中枢神经系统肿瘤分类和cIMPACT-NOW更新5中提出IDH突变型的星形细胞瘤作为一个独立亚型，但会根据微血管增生和坏死以及CDKN2A/B纯合缺失进行分级(WHO 2，3，4级)；在2021版WHO中枢神经系统肿瘤分类和cIMPACT-NOW更新3中提出IDH野生型的成人弥漫性星形细胞瘤根据分子特征(TERT启动子突变、EGFR扩增，7号染色体扩增联合10号染色体缺失)的单变异或共变异可以直接分为IDH野生型的胶质母细胞瘤。

对于指南共识推荐检测的胶质瘤的分子标志物可以通过多种不同的技术进行检测。但都具有一定的弊端：

1.预后评估局限性：目前已经有文献研究表明不同位点的IDH突变的预后不同，尤其在星形细胞瘤中IDH(R132H)突变较其他位点突变预后更好。但IDH基因的免疫组化抗体目前只有针对IDH1(R132H)位点，不能检测IDH1(R132S)、IDH2(R172)等位点，这对于胶质瘤的预后评估就会具有一定的局限性。