[发明专利]一种检测幽门螺旋杆菌23SrRNA基因突变的引物和探针组合物及其应用、试剂盒

说明书

本申请涉及生物检测技术领域，具体公开了一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物及其应用、试剂盒。所述引物和探针组合物包括用于检测幽门螺杆菌23S rRNA基因的A2142C位点、A2142G位点和A2143G位点的突变型引物和探针组合物、用于检测幽门螺杆菌16S rRNA基因的引物和探针组合物、用于检测人源RNAse P基因的引物和和探针组合物、以及封阻引物。所述引物和探针组合物在制备用于检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的试剂或试剂盒的应用。所述试剂盒包括上述引物和探针组合物。本申请提高幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的检测效率。

技术领域

本申请涉及生物检测技术领域，具体涉及一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物及其应用、试剂盒。

背景技术

幽门螺杆菌(Helicobacter Pylori，HP)感染与上消化道疾病有关，包括胃炎、消化性溃疡疾病、胃粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤和胃癌等疾病密切相关，部分患者消化道不适症状与幽门螺杆菌相关。根除幽门螺杆菌的治疗被认为是治疗幽门螺杆菌相关疾病的有效方法。目前，克拉霉素是临床上根除幽门螺杆菌常用的抗生素之一，但由于该药曾经的广泛应用，导致幽门螺杆菌耐药率逐年上升，幽门螺旋杆菌的根除率正在下降。根据研究已表明 23S rRNA基因V结构域肽基转移酶基因的点突变是临床上克拉霉素耐药表型的原因，这些点突变导致肽基转移酶环构象的破坏并抑制了克拉霉素和23S rRNA基因之间结合，导致药物不能阻止细菌蛋白的合成，最终产生耐药现象。

扩增阻滞突变系统PCR(Amplification Refractory Mutation System PCR，ARMS-PCR)，又名等位基因特异性PCR(Allele Specification PCR，AS-PCR)，原理为：利用TaqDNA聚合酶缺少3'-5'外切酶活性，PCR引物3'端末位碱基必须与模板DNA互补才能才能有效扩增，针对不同的已知突变设计不同的引物去检测出突变基因。该方法灵敏度高，其主要的限制因素是若突变位置为弱碱基序列，该方法的特异性将受到影响。

基于封阻引物(Blocker)富集技术来检测突变位点也有相应的文献报告。Blocker引物是一段与野生型模板完全互补匹配的核酸序列。利用这种方法能够有效地降低野生型的扩增，提高在野生型模板背景情况下突变型模板的检出能力。因此为了进一步提高Blocker富集技术的封闭效率，我们设计Blocker引物的退火温度应高于ARMS引物的退火温度，其目的是保证Blocker引物优先于野生型模板结合有效降低野生型的扩增，提高突变型的检测效率。

发明内容

为了提高幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的检测效率，本申请提供一种检测幽门螺旋杆菌23SRNA耐药基因的引物和探针组合物、试剂盒和方法。

第一方面，本申请提供的一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物，采用如下技术方案：

一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物，所述引物和探针组合物包括用于检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因的A2142C位点、A2142G位点和A2143G位点的突变型引物和探针组合物、用于检测用于检测幽门螺旋杆菌16S rRNA基因的2142位点和2143位点的引物和探针组合物、用于检测人源RNAse P基因的引物和探针组合物、以及封阻引物；

所述突变型引物和探针组合物包括：

23S-A2142G正向突变型引物：5'-GTAAAGGTCCACGGGGTCTTC-3'

23S-A2142C正向突变型引物：5'-TAAAGGTCCACGGGGTCTTG-3'

23S-A2143G正向突变型引物：5'-AGTAAAGGTCCACGGGGTCTC-3'