[发明专利]一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点、筛选及应用

说明书

本发明公开了一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点，所述SNP位点为TLR1A基因第2443位T/C变异和TLR4基因第1147位T/C变异；其中，第2443位T/C变异所在的特征序列为：TATAACCCAA[T/C]GTCTGATTAA，如SEQ ID NO.1所示；第1147位T/C变异所在的特征序列为：GAGTCTAACT[T/C]ACCTGGAGGT，如SEQ ID NO.2所示。

技术领域

本发明涉及CAPs遗传标记技术领域，更具体地说是涉及一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点、筛选及应用。

背景技术

沙门氏菌是一种无芽孢、无荚膜的革兰氏阴性肠道杆菌，在自然界中广泛分布，是人畜获得性食源性细菌性肠胃炎的首要病原菌。禽沙门氏菌病根据感染病原不同可分为三类：鸡白痢、禽伤寒和禽副伤寒。鸡白痢常见于雏鸡，病雏表现为精神萎顿、缩头、翅下垂，拉白色浆糊状稀粪；禽伤寒主要危害3月龄以上的成年鸡，以肝、脾肿大，肝呈黄绿色或古铜色为特征；禽副伤寒可造成血分病，致使五脏及肠胃的生理功能异常，引起气虚、机体衰弱，死亡率高达50％。禽沙门氏菌病传播途径多为蛋垂直传播，也可通过接触病鸡或污染的饲料、饮水等经消化道水平传播。虽成年鸡感染沙门氏菌一般不表现明显症状，呈隐形带菌传播，但却是鸡沙门氏菌病流行和人类食物的主要污染源。

基于鸡TLR4、TLR1A在相应组织中的表达，在鸡基因组的位置和结构以及在先天免疫反应中的作用，使得它们成为研究沙门氏菌抵抗力理想的候选基因。具有新功能的新基因的出现是生物进化过程中的重要事件。复制被认为是产生新基因的最重要途径，而正选择促进了新基因的出现。基因的功能要通过蛋白来行使，基因的变异也是通过改变蛋白结构而发挥作用。研究TLR4和TLR1A在阳性和阴性群体间的差异能帮助科研人员了解沙门氏菌抗性的遗传基础，进而筛选能够影响抗性的位点和基因型。鸡对肠炎沙门氏菌感染的表达调控研究进展，将肠炎沙门氏菌感染小鸡，在感染不同天数后取盲肠样品分析，发现盲肠组织TLR1A的表达量显著上调。

目前对于禽沙门氏菌感染的治疗措施还是以抗生素和疫苗为主。抗生素只能抑制和杀灭机体内的沙门氏菌，不能防止病菌在鸡群中的传播。注射疫苗存在一定的安全隐患，可能毒力返强造成新疫情的发生。抗生素和疫苗等方式无法对禽沙门氏菌病进行根治。相较而言，抗病育种可能对提高畜禽抗病能力更为有效。

因此，如何筛选鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点，并将其应用于筛选抗沙门氏菌的畜禽中是本领域技术人员亟需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明利用酶切位点PCR-RFLP检测技术与抗病力显著关联的SNP，对SNP与坝上长尾鸡自然感染率的关联关系，筛选沙门氏菌抵抗力和易感性特定基因型，从而改变育种过程中难以对抗病力进行选择提高的情况。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点，所述SNP位点为TLR1A基因第2443位T/C变异和TLR4基因第1147位T/C变异；其中，第2443位T/C变异所在的特征序列为：TATAACCCAA[T/C]GTCTGATTAA，如SEQ ID NO.1所示；第1147位T/C变异所在的特征序列为：GAGTCTAACT[T/C]ACCTGGAGGT，如SEQ ID NO.2所示。

一种鉴别鸡群对沙门氏菌易感性的SNP位点的筛选方法，包括下述过程：

1)变异位点筛选和确定：用PAML程序和Datamonkey在线网站筛选正选择位点，找出与Ensembl上该基因碱基突变重合的位点。

2)样品采集：用2.5ml注射器采静脉血2ml，制作诊断鸡白痢鸡伤寒的抗原检测采集样品；

3)设计引物及酶切分型：利用酚-氯仿抽提法提DNA，选用合适的酶，设计引物，并进行酶切分型；

4)关联分析：运用逻辑回归方法，分析单个SNP和沙门氏菌易感性的相关性。