[发明专利]白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法

权利要求书

1.白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，包括以下步骤：

1）构建模块：所述模块包括白花蛇舌草成分数据库模块、抗肿瘤血管生成靶点模块；

2）使用分子对接软件，批量读取模块中的成分和靶点进行分子对接，获取到对接打分；

3）根据对接打分的结果，构建成分-靶点作用关系数据库，来分析白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键活性物质以及其靶点。

2.根据权利要求1所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤1中，白花蛇舌草成分数据库模块的构建包括以下步骤：

从TCMSP和TCMID以及上海有机所的中药与化学成分数据库中采集相关的白花蛇舌草成分信息数据再将其转化成PubChem数据库中化合物的3D结构文件。

3.根据权利要求1所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤1中，抗肿瘤血管生成靶点模块的构建包括以下步骤：

从rcsb数据库中获取到靶点的名称；根据靶点信息再从UniProt数据库中获取到对应的蛋白质PDB名称和UniProtID。

4.根据权利要求3所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述靶点为β2-肾上腺素受体(AR)介导VECs糖酵解代谢轴相关靶点。

5.根据权利要求1所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤2中，所述分子对接软件为AutoDock。

6.根据权利要求1所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤2中，分子对接方法包括以下步骤：

a）准备活性成分和靶点蛋白的PDB文件；

b）准备小分子和大分子的PDBQT文件；

c）准备glg文件；

d）进行对接得到dlg文件；

e）结果查看。

7.根据权利要求6所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤b准备小分子的PDBQT文件,包括以下步骤：

1、打开小分子：

2、调整电荷：edit-charges-check totals on residues；

3、判断root，ligand-torsion-choose torsion，然后点击done；

4、输出pdbqt文件。

8.根据权利要求6所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述步骤b准备大分子的PDBQT文件,包括以下步骤：、

1）打开大分子：打开准备好的蛋白pdb文件；

2）加氢：给受体蛋白加上氢原子，；

3）计算电荷：把所有电荷都调整为整数；

4）设定原子类型：edit-atoms-assign AD4 type；

5）输出pdbqt文件。

9.根据权利要求1所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法，其特征在于，所述成分-靶点作用关系数据库的构建包括以下步骤：

1）将白花蛇舌草成分作为出发点，肿瘤血管生成靶点作为到达点，成分和靶点之间的打分作为边的权重，从而得到成分-靶点预测图模型；

2）计算每个成分所有出边的打分之和得到每个成分的加权出度，计算每个靶点的所有入边的打分得到靶点的加权入度；

3）分别按照从大到小的顺序进行排序，并进行可视化，通过分析，确定白花蛇舌草的活性成分和作用与肿瘤血管生成的关键靶点。

10.如权利要求1-9任一种所述的白花蛇舌草抗肿瘤血管生成关键靶点的药理学预测方法在研究β2-肾上腺素受体(AR)介导VECs糖酵解代谢轴中的应用。