[发明专利]一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用

说明书

本发明涉及一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用。本发明所提供的InDel分子标记为黄瓜基因组5号染色体上20,290,734‑20,295,628位置处存在的4895bp插入缺失变异。本发明提供的InDel分子标记与黄瓜果皮亮度基因DULL共分离，命名为InDel‑DULL。分子标记InDel‑DULL与黄瓜商品瓜时期的果皮亮度性状显著相关，因此可用于黄瓜果皮亮度性状的早期鉴定及辅助育种。InDel分子标记通过PCR扩增和进一步的琼脂糖凝胶电泳即可进行检测，设备及技术要求门槛低，具有非破坏性，操作简单，效率高，成本低等一系列优点，有较高推广应用价值。

技术领域

本发明涉及植物分子遗传育种技术领域，具体涉及一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记及其应用。

背景技术

黄瓜，(Cucumis sativus L.,2n＝2x＝14)是葫芦科甜瓜属一种重要的蔬菜作物，产量高，经济效益好，在全世界范围尤其是中国被广泛种植。果皮亮度是黄瓜果实重要的外观品质性状之一，可以直接影响其商品性。在鲜食消费市场上，相比与果皮灰暗的黄瓜果实，果皮光亮的果实因其光鲜油亮的外表深受消费者的喜爱。因此，果皮亮度已经成为影响鲜食黄瓜市场价值的重要因素。在此背景下，研究黄瓜果皮亮度的遗传及分子标记，对于选育受市场欢迎的黄瓜新品种具有重要意义。

随着首个黄瓜基因组测序的完成，包括果刺，果皮颜色，果颈等在内的多个调控黄瓜果实外观品质性状的基因被陆续克隆和报道。由于果皮亮度性状的复杂性，导致对该性状的研究进展相对缓慢。自1931年该性状被首次报道后，截至目前还未见有明确的调控基因以及针对该性状的可直接应用于分子标记辅助选择育种的分子标记被报道。受限于此，黄瓜育种从业者在针对该性状培育新品种的过程中无法利用分子标记从苗期进行基因型鉴定和选择，从而造成了人力，物力，财力和时间的极大浪费。

发明内容

本发明基于对黄瓜果皮亮度基因的精细定位提供了一种与该性状共分离的InDel分子标记。此标记可作为辅助选择手段应用于针对果皮亮度的黄瓜新品种选育进程中，可极大的提高育种效率，缩短育种周期且节约资源。

第一方面，本发明提供一种与黄瓜果皮亮度基因共分离的InDel分子标记，所述InDel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

具体地，所述InDel分子标记位于黄瓜基因组5号染色体上第20,290,734-20,295,628碱基位。

更具体地，黄瓜果皮亮度基因DULL的启动子序列和编码序列均位于上述4895bp的插入缺失变异序列中。若黄瓜基因组存在所述4895bp的缺失，则黄瓜果皮亮度；若黄瓜基因组不存在所述4895bp的缺失，则黄瓜果皮亮度低。

第二方面，本发明提供检测InDel分子标记的引物对，所述引物对如SEQ ID NO.1-2所示。

若黄瓜基因组中，含有野生型DULL基因序列，使用如SEQ ID NO.1-2所示所述引物对扩增出如SEQ ID NO.3所示的插入缺失变异序列。

使用本发明提供的引物对进行检测时，若扩增出5309bp的单一条带或扩增出414bp和5309bp的双条带，说明待测黄瓜材料的果皮呈现灰暗表型；当仅扩增出414bp的单一条带，说明待测黄瓜材料的果皮呈现光亮表型。

第三方面，本发明提供一种含有上述引物对的试剂盒，所述试剂盒是用于鉴定黄瓜果皮亮度性状的快速检测试剂盒。

根据本领域技术人员的理解，本发明还请求保护，上述的引物对或试剂盒在检测黄瓜果皮亮度基因DULL基因型中的应用。

以及上述的InDel分子标记或上述的引物对或上述的试剂盒在黄瓜分子标记辅助选择育种或种质资源鉴定中的应用。

第四方面，本发明提供一种黄瓜果皮亮度性状的快速检测方法，包括：