[发明专利]一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记及应用。涉及鸡标记辅助选择技术领域。本发明对黑腹膜性状进行分级，检测NDV抗体应答，进行基因分型。将孵化批次、性别、前三主成分作为固定效应，进行GWAS分析。得到显著的SNP位点(rs317439499)，后进行关联分析，得出等位基因A对于黑色腹膜性状具有极显著的负效应，对新城疫抗体应答水平有显著的正效应；得出等位基因G对于黑色腹膜性状具有极显著的正效应，对新城疫抗体应答水平有显著的负效应。分子标记SNP位点可用于鸡黑色腹膜性状的分子标记辅助育种。通过该遗传标记进行选育不仅可以降低群体的黑色腹膜个体数量，同时还能提高新城疫抗体应答水平。

技术领域

本发明涉及鸡标记辅助选择技术领域，更具体的说是涉及一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

鸡肉是我国的第二大消费肉类，近年来我国鸡肉人均消费持续增长。为了防止疫病传播，确保活禽产品质量安全，以活禽交易为主的优质肉鸡产业将逐步向冰鲜和屠宰加工型转变。因此，黑色腹膜性状等直接影响品种的经济效益的肉鸡屠体外观性状的选育得到重视。

鸡黑色腹膜性状表现为腹部皮肤呈现深蓝色外观，当皮肤被去除时，出现黑色结缔组织。其严重影响胴体外观，影响经济效应。且黑腹性状在黄羽肉鸡中比较常见，3周龄时，有5％-95％的惠阳胡须鸡存在黑色腹膜，但目前关于鸡黑色腹膜性状的研究还比较少。

因此，如何提供一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记是本领域技术人员亟需解决的问题。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种与鸡黑色腹膜性状相关的SNP分子标记及应用。鸡黑色腹膜性状作为一个中等遗传力的性状，存在一定的改良空间，作为一个复杂性状适用于利用GWAS(全基因组关联分析)寻找与性状显著关联的SNP(单核苷酸多态性)，找到的显著SNP位点有望运用于鸡黑色腹膜性状的后续育种当中。

此外，黑色腹膜与新城疫抗体应答存在中等程度的负遗传相关-0.42。一般来说遗传相关来自于多基因效应，然而遗传相关也可以来自于不同基因座之间的连锁不平衡。本发明采用多性状GWAS识别多效基因位点，由此产生的标记性状关联被称为交叉表型(CP)关联。通常所研究性状之间的遗传相关越高，多性状GWAS的效力也就越高。通过多性状GWAS我们可以筛选出具有拮抗作用的SNP，即SNP对一个性状具有正效应，另一个性状具有负效应。这样的SNP位点用于鸡的分子标记辅助育种，我们可有得到同时具有低的黑色腹膜和高的新城疫抗体应答水平的鸡。。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记，分子标记SNP位点位于核苷酸序列SEQID NO.1所示的第101位，为A或G。

本发明还提供了上述的一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

(1)测定试验鸡黑色腹膜和新城疫抗体应答水平数据；

(2)提取试验鸡的DNA；

(3)通过mvLMM模型进行GWAS分析，获得显著SNP位点；

(4)通过单倍型与表型关联分析对显著SNP位点进行验证；

(5)得到显著的SNP位点。

本发明还提供了上述的一种与鸡黑色腹膜性状相关的分子标记在鸡品系选育中的应用。

优选的：SNP位点为A时，鸡具有更低的黑色腹膜与更高的新城疫抗体应答水平。

优选的：包括以下步骤：

(1)提取基因组DNA；

(2)检测试验上述分子标记SNP位点的基因型；

(3)选择基因型A/A的试验鸡进行优势品系的选育。