[发明专利]一种基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法有效
申请号: | 202210150460.7 | 申请日: | 2022-02-18 |
公开(公告)号: | CN114639445B | 公开(公告)日: | 2023-09-19 |
发明(设计)人: | 徐巨才;刘万顺;陈雅君;梁姚顺;严嘉慧;郭素琴;黄峻洪;范丽琪;黄其丽 | 申请(专利权)人: | 五邑大学 |
主分类号: | G16B30/10 | 分类号: | G16B30/10;G16B50/00;G01N33/68 |
代理公司: | 广州嘉权专利商标事务所有限公司 44205 | 代理人: | 马俊 |
地址: | 529000 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 贝叶斯 评价 序列 多肽 鉴定 方法 | ||
1.一种基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)对样品的质谱检测数据中的各离子进行离子标准化,并根据一级母离子信号响应强度和二级子离子覆盖率对所述样品的质谱检测数据进行过滤,得到各待鉴定物质集合C2;
(2)从所述样品所属的蛋白质序列库中获取一条待检索序列,并进行模拟酶解,建立待检索多肽序列库;
(3)对步骤(2)中的所述待检索多肽序列库中的序列进行鉴定,得到候选鉴定多肽;
(4)重复步骤(2)-(3),直至所述蛋白质序列库中的待检索序列均已完成检索;
(5)对所述候选鉴定多肽进行评分,得到鉴定结果;
步骤(3)中,所述鉴定的具体步骤为:
S1:从所述待检索多肽序列库中,获取一条待检索多肽片段;
S2:获取在所述各待鉴定物质集合C2中,与所述待检索多肽片段的一级离子质荷比偏差绝对值小于一级离子质荷比偏差阈值的各物质的集合F1,检查所述集合F1是否为空;
若所述集合F1为空,则标记该待检索多肽片段为已检索;
若所述集合F1不为空,则根据子离子匹配率对所述集合F1进行筛选,得到与所述待检索多肽片段所匹配的待鉴定物质,标记所述待检索多肽片段为所述匹配的待鉴定物质的候选鉴定多肽,并标记所述待检索多肽片段为已检索;
所述子离子匹配率的计算方法为:在一定质荷比偏差范围内,所述待检索多肽片段的理论二级离子簇质荷比集合中的各离子可在所匹配的待鉴定物质的二级离子谱图中实现匹配的数量与待检索多肽片段残基数量的百分比;
S3:重复步骤S1-S2,直至所述待检索多肽序列库中的待检索多肽片段全部被标记为已检索。
2.根据权利要求1所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,步骤(1)中,所述对样品的质谱检测数据中的各离子进行离子标准化的具体步骤是:
将所述质谱检测数据中的多电荷离子和未标识电荷的离子换算成带单位正电荷的离子。
3.根据权利要求1所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,将所述质谱检测数据中的多电荷离子和未标识电荷的离子通过质荷比计算转换成带单位正电荷的离子。
4.根据权利要求1所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,所述步骤(1)中,根据一级母离子信号响应强度和二级子离子覆盖率对样品的质谱检测数据进行过滤具体包括以下步骤:
S11:去除一级母离子质谱图中一级母离子信号响应强度低于一级母离子信号响应强度阈值的物质,得到各待鉴定物质集合C1;
S12:针对所述集合C1中各物质对应的子离子,去除二级子离子质谱图中二级子离子覆盖率低于二级子离子覆盖率阈值的物质,得到各待鉴定物质集合C2。
5.根据权利要求1所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,步骤(2)中,建立所述待检索多肽序列库的具体步骤是:
S111:根据预设的蛋白酶确定酶切位点,在所述待检索序列的任意1或2个所述酶切位点进行断裂,收集形成的所有多肽片段,得到多肽片段集合D1;
S112:去除所述集合D1中的重复多肽片段,得到多肽片段集合D2;
S113:根据预设的待检索多肽片段长度范围对所述集合D2进行过滤,得到待检索多肽序列库。
6.根据权利要求1所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,步骤S2中,根据子离子匹配率对集合F1进行筛选的筛选标准为:子离子匹配率小于子离子匹配率阈值。
7.根据权利要求6所述的基于贝叶斯评价和序列搜库的多肽组学鉴定方法,其特征在于,所述匹配的判断标准为:待检索多肽片段与所匹配的待鉴定物质的二级离子质荷比偏差绝对值小于二级离子质荷比偏差阈值,则判断为匹配。
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