[发明专利]用于鉴别马哇椰子的InDel标记及其应用

说明书

本发明提供了用于鉴别马哇椰子的InDel标记及其应用，其中，InDel标记的引物对如SEQ ID No.1‑2所示、如SEQ ID No.3‑4所示或如SEQ ID No.5‑6所示，由上述引物对中的两种或两种以上可以组成InDel标记引物组，InDel标记引物对或InDel标记引物组可以制成试剂盒。采用本发明的InDel标记引物对或InDel标记引物组或试剂盒对不同品种椰子进行PCR扩增电泳，即可根据电泳条带鉴别出马哇椰子品种，可以在苗期到成年大树中随时检测，鉴定准确率高，对于区分马哇椰子具有重要意义。

技术领域

本发明涉及分子生物学及生物信息学领域，具体涉及用于鉴别马哇椰子的InDel标记及其应用。

背景技术

椰子(Cocos nucifera L.)是棕榈科椰子属中唯一的一个种，属于单子叶多年生常绿乔木，其浑身是宝，被誉为“生命之树”是热带地区重要的木本油料作物和食品能源作物，经济寿命达40-80年，自然寿命可达100年以上。

按照常规分类方法可将椰子分为高种椰子、矮种椰子以及介于高种和矮种之间的中间类型。其中高种椰子的主要特征为植株高大，椰干基部膨大呈“葫芦头”，异花授粉；而矮种椰子植株矮小，椰干基部没有“葫芦头”，自花授粉，经济寿命和自然寿命较短；中间类型则介于以上两者之间。此外，在各类变种中根据果实大小、果实形状和果皮颜色等，又将椰子种质资源分为若干类型，例如矮种椰子可根据果皮颜色分为黄矮、红矮、褐矮和绿矮等。

马哇椰子是法国油料油脂研究所(IRHO)在科特迪瓦试验站用马黄矮和西非高种杂交而成。马哇于1979年首次引进海南岛，经多年布点试种观察，结果表明：①马哇种比海南高种(对照)生长快，投产早，产量高。②马哇种的生育习性和果实主要营养(椰干、脂肪、蛋白质等)含量以及抗病、虫能力与海南高种无显著差异。③马哇种的不良性状有：果实偏小，叶痕距大，树干拔高太快，底层老叶衰落过早，同时，叶软而脆，抗风能力较次。尽管马哇种抗风、寒(幼龄期)能力比海南高种略次，但即使是在海南岛北部重风害和低温区之一的文昌县种植，仍能获得高产，其产量仍比海南高种高50％，甚至1倍以上，因此经济效益较高，马哇椰子可在海南岛已有的高种椰区种植，而在东南沿海的万宁、陵水、三亚和乐东一带种植更能表现其高产特性。

InDel标记(Insertion-Deletion)是在全基因组重测序的基础上开发的，是等位基因位点上DNA插入或缺失一段短序列产生的多态性变异。简单来说就是两个亲本在全基因组中的差异，对于其中的一个亲本基因组，另外一个亲本中有一定数量的核苷酸的插入或者缺失，可以根据基因组中插入或缺失的位点，设计扩增这些位点的PCR引物，就是InDel标记。

InDels广泛分布在整个基因组中，与其它的分子标记相比，在基因组的相同位置出现相同大小的InDel标记的几率很小，避免了后续分析的模糊性。在基因组序列测定的基础上，InDel标记可以通过生物信息学的方法方便简单地获得。与SSR标记相比，InDel标记的扩增产物带型清晰简单，稳定性和产物分离效果均优于SSR标记。InDel标记具有其它分子标记的优点。基于全基因组重测序的InDel标记，具有在基因组内分布广、密度高、多态性强、检测容易、分型系统简单、遗传稳定。InDel标记适用于全基因组分子标记的开发，目前已开始应用于动植物群体遗传分析、构建高密度分子标记遗传图谱和基因定位、生物的遗传多样性分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中的不足，首次利用椰子重测序所得的插入和缺失序列开发椰子InDel标记，应用多态性InDel标记获取部分椰子品种的指纹特征图谱，利用筛选得到的分子标记组合开展椰子品种纯度鉴定和苗种的早期选育，通过分子标记辅助选育缩短椰子新品种的繁育周期。

本发明的第一个方面是提供一种用于鉴别马哇椰子的InDel标记的引物对，所述InDel标记引物对为如SEQ ID No.1-2所述引物对、如SEQ ID No.3-4所述引物对或者如SEQID No.5-6所述引物对。