[发明专利]早发冠心病相关的SNP位点及其应用

权利要求书

1.一种AKAP9的基因突变，其特征在于，所述AKAP9的基因突变与正常AKAP9基因相比具有c.6406CG突变。

2.一种核酸，其特征在于，与正常AKAP9基因相比，所述核酸具有c.6406CG突变。

3.一种多肽，其特征在于，与正常AKAP9基因表达的多肽的氨基酸序列相比，所述多肽的氨基酸序列具有p.Q2136E突变。

4.检测权利要求1所述的基因突变或权利要求2所述的核酸或权利要求3所述的多肽的试剂在制备试剂盒或者设备中的用途，所述试剂盒或者设备用于诊断冠心病；

优选的，所述冠心病为早发冠心病；

优选的，所述试剂包括特异性针对所述基因突变、所述核酸和所述多肽的至少之一的抗体、探针、引物以及质谱检测试剂的至少之一。

5.生物模型在筛选药物中的用途，其特征在于，所述生物模型选自下列至少之一：

(1)权利要求1所述的基因突变；

(2)权利要求2所述的核酸；

(3)权利要求3所述的多肽；

优选地，所述生物模型为细胞模型或者动物模型。

6.特异性改变权利要求1所述的基因突变或者权利要求2所述的核酸的试剂在制备药物中的用途，所述药物用于治疗冠心病；

优选地，所述冠心病为早发冠心病。

7.一种用于治疗冠心病的药物，其特征在于，所述药物含有：特异性改变权利要求1所述的基因突变或者权利要求2所述的核酸的试剂；

优选地，所述冠心病为早发冠心病。

8.一种检测冠心病的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包括检测权利要求1所述的基因突变的试剂，和/或检测权利要求2所述的核酸的试剂，和/或检测权利要求3所述的多肽的试剂。

9.一种筛选与早发冠心病相关突变位点的筛选方法，其特征在于，所述方法包括

以下步骤：

(1)提取早发冠心病患者和正常对照的外周血样本的DNA；

(2)将DNA进行超声片段化，随机打断成长度为180-280bp的片段，经末端修复和加A尾后在片段两端分别连接上接头制备DNA文库；

(3)采用Agilent的液相芯片捕获系统，对人的全外显子区域DNA进行高效富集，然后在Illumina平台上进行高通量双端测序，每端读长为150bp；

(4)外显子测序后，进行数据质量评估，对测序错误率、数据量和比对率进行统计，并将有效测序数据以GRCh37/hg19为参考序列或参考基因组通过Burrows-Wheeler Aligner进行序列比对，使用SAMtools对比对结果进行排序，再用Sambamba标记重复reads，最后利用重复标记后的比对结果进行覆盖度、深度的统计；

(5)在上述比对结果的基础上利用GATK4识别SNP，InDel以及CNV，利用ANNOVAR软件对上述位点进行注释，其中包括dbSNP数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息，注释内容涵盖变异的位置信息，类型，保守型预测，主要步骤包括碱基质量重矫正，局部重比对以及基于单倍型的基因分型；生成的变异位点文件进一步通过ANNOVAR软件进行基因组信息以及功能注释；

(6)对变异检测的结果，通过基于人群频率、变异的功能有害性预测、物种保守性分析以及所在基因的组织表达水平进行筛选；最后对候选的变异位点结合临床表型进行遗传解读，包括遗传位点数据库检索，家系疾病共分离分析，以及ACMG致病性评级；最终筛选出早发冠心病易感性SNP位点：AKAP9_c.6406CG_p.Q2136E。