[发明专利]TMEM236基因在制备用于诊断直肠癌新辅助放疗抵抗标记物中的用途

说明书

本发明提供了TMEM236基因在制备用于诊断局部进展期直肠癌新辅助放疗原发性抵抗标记物中的用途，TMEM236基因突变位点为chr10:17796115，如果检测到所述的TMEM236基因在位点chr10:17796115发生点突变，TMEM236:NM_001098844:exon4:c.G667A，则显示该患者对放疗具有抵抗性。本发明还提供了检测TMEM236基因突变的试剂盒在制备用于诊断局部进展期直肠癌新辅助放疗抵抗诊断组合物中的用途。本发明筛选得到胚系突变的变异基因TMEM236能够用于预测局部进展期直肠癌患者对新辅助放疗的原发性抵抗。

技术领域

本发明属于生物学领域，涉及一种基因诊断标记物，具体来说是TMEM236基因在制备用于诊断局部进展期直肠癌新辅助放疗抵抗标记物中的用途。

背景技术

直肠癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一，发病年龄中位数在45岁左右，因其位置深入盆腔，解剖关系复杂，手术不易彻底，术后局部复发率高。近年来，中青年发病率有攀升趋势，已严重危害人民的生命和财产安全。目前手术仍然是早期直肠癌的主要治疗手段，然而对于局部进展期直肠癌，术前新辅助放疗联合手术是主要治疗策略，这种方式可提高直肠癌根治性切除及保肛率，并降低局部复发率。

放射治疗通过在肿瘤区域给予足够辐射剂量，引起肿瘤细胞DNA单双链断裂，导致其损伤后启动细胞凋亡程序，达到肿块缩小控制病情，降低肿瘤分期延长生存目的。然而，目前临床实践发现不同直肠癌患者对放射反应存在巨大个体差异。约占1/3放疗敏感患者能够达到肿块缩小消失，甚至病理完全缓解。约占2/3放疗抵抗患者不仅无法从治疗中获益，反而需要承受额外的放疗毒副反应和沉重的经济负担，甚至延误宝贵的手术时机，造成肿瘤远处转移。因此，直肠癌患者术前放疗敏感性预测已成为临床制定治疗策略的重要依据，我们迫切需要一种标志物或者联合检测来精准预测患者是否存在放疗抵抗。由于目前个体放疗抵抗的分子机制仍不明确，还无法前瞻性制订合理治疗策略。

TMEM是一种跨越脂质双层整个宽度的蛋白质，它被永久地锚定在上面。许多TMEM蛋白起着跨膜通道的作用，允许特定物质通过生物膜进行运输。TMEM家族基因被普遍认为可起到抑癌作用，其家族的众多基因与肿瘤化疗耐药有很大关系，然而TMEM236基因及其与肿瘤放疗抵抗的关系目前鲜有研究。

TMEM236基因位于chr10:17,752,110-17,800,916(GRCh38/hg38)，长度为Size:48,807，外显子计数为：8。TMEM236基因的详细信息公开于genecards数据库。

真核细胞基因由编码区和非编码区两部分组成，其中编码区包括能够编码蛋白质的序列（外显子）和不能够编码蛋白质的序列（内含子）。全外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。与全基因组测序相比，全外显子组测序不仅费用更低，而且测序覆盖度更深，数据准确性更高。

申请人通过收集已行新辅助放疗的局部进展期直肠癌患者，术前肠镜活检组织及配对正常肠组织样本，利用全外显子测序和生物信息学分析技术，结合临床新辅助放疗疗效评价标准AJCC版肿瘤退缩分级（Tumor Regression Grade，TRG），筛选出能够精准预测放疗抵抗的基因突变位点。

发明内容

针对现有技术中的上述问题，本发明提供了TMEM236基因在制备用于诊断局部进展期直肠癌新辅助放疗抵抗标记物中的用途，所述的这种用途要解决现有技术中没有合适的标志物或者联合检测来精准预测局部进展期直肠癌患者是否存在放疗抵抗的技术问题。

本发明提供了一种用于诊断直肠癌新辅助放疗抵抗的标记物，其为TMEM236基因突变，所述的TMEM236基因突变的位点为chr10:17796115，如果通过测序检测到所述的TMEM236基因在位点chr10:17796115发生点突变，TMEM236:NM_001098844:exon4:c.G667A，则显示患者对于放疗具有抵抗性。

进一步的，所述直肠癌新辅助放疗抵抗为原发性抵抗。