[发明专利]一种与蛋鸭繁殖性能相关的单倍型分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与蛋鸭繁殖性能相关的单倍型分子标记及其应用，属于分子遗传学领域，该单倍型分子标记包括SNP1‑SNP5共5个SNP位点，涉及KDM4C基因上5段产蛋数相关的基因片段，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1，SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示。本发明能够为蛋鸭繁殖性能的早期选育提供一种快速、简便、价格低廉的基因分析方法，有利于筛选出产蛋数相对较好的蛋鸭个体，指导蛋鸭繁殖性能的早期分子标记辅助选育。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，特别是涉及一种与蛋鸭繁殖性能相关的单倍型分子标记及其应用。

背景技术

鸭是最重要的农业禽畜动物之一。鸭肉和鸭蛋为人类提供了重要的动物蛋白来源，同时由于人们健康观念的改善，以猪牛羊为代表的红肉消费需求趋于稳定，而以鸭蛋消费需求在稳步提升。因此，加快优质蛋鸭品种的遗传改良具有重大的经济效益。

SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。然而，受到不同实验群体地遗传背景差异，奠基者效应，多基因互作效应，基因-环境互作效应，不完全选择/平衡选择效应，遗传标记数量地限制以及连锁不平衡等因素地干扰，导致目前蛋鸭分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著地分子标记。因此，挖掘在中外群体中通用的、效应巨大的、准确的分子标记是当前的研究重点。

KDM4C基因属于jumonji结构域2(jmjd2)家族。编码的蛋白质是一种三甲基化特异性脱甲基酶，并将特异性三甲基化组蛋白残基转化为二甲基化形式，这种酶作用调节基因表达和染色体分离，在肿瘤细胞中可发现染色体畸变和该基因表达的变化。KDM4C基因是一个相对比较新的基因，对其研究刚刚起步，在家禽中的研究尚未见报道。如果能够找到与蛋鸭繁殖性状相关的SNP分子标记，将极大促进鸭的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。

发明内容

本发明的目的是提供一种与蛋鸭繁殖性能相关的单倍型分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记能够为鸭早期繁殖性状检测提供一种快速、简便、价格低廉的基因分析方法，有利于筛选出高产蛋性状的蛋鸭个体，指导蛋鸭早期的分子标记辅助选育。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与蛋鸭繁殖性能相关的单倍型分子标记，包括SNP1-SNP5共5个SNP位点；

其中，SNP1所在基因位置为SEQ ID NO.1所示序列的128bp，该处碱基为A或G；

SNP2所在基因位置为SEQ ID NO.2所示序列的165bp，该处碱基为A或G；

SNP3所在基因位置为SEQ ID NO.3所示序列的57bp，该处碱基为C或T；

SNP4所在基因位置为SEQ ID NO.4所示序列的105bp，该处碱基为G或C；

SNP5所在基因位置为SEQ ID NO.5所示序列的52bp，该处碱基为T或C。

进一步地，当所述单倍型分子标记按SNP1-SNP5依次为GGTCG纯合基因型时，对应的蛋鸭具有高产蛋性状；当所述单倍型分子标记按SNP1-SNP5依次为AACGT纯合基因型时，对应的蛋鸭具有低产蛋性状。

本发明还提供一种用于扩增如上所述的与蛋鸭繁殖性状相关的单倍型分子标记的引物组合，包括用于扩增SNP1-SNP5的5对引物，引物序列为：

SNP1：

上游引物序列1：5’-tcaggtgtacttttcatgaaatcc-3’

下游引物序列1：5’-atttccaaaataggtaagacggtc-3’

SNP2：