[发明专利]一种与小麦籽粒长度相关的KASP分子标记与应用

说明书

本发明公开了一个小麦籽粒长度相关的KASP分子标记的应用。本发明所保护的一个技术方案是检测小麦基因组中QTLqGL3B.1位点的多态性或基因型(即等位基因)的组合物在制备鉴定或辅助鉴定籽粒长度产品中的应用。可将检测QTLqGL3B.1位点多态性和基因型的组合物与其它物质(如检测其它与小麦籽粒长度相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备高通量鉴定长粒小麦品种产品。

技术领域

本发明涉及KASP分子标记的应用，特别涉及一种与小麦籽粒长度相关的KASP分子标记与应用。

背景技术

小麦作为全球重要的粮食作物，为人类消耗提供了约五分之一的卡路里。但是，随着人口的不断增长与耕地面积的逐渐减小之间的矛盾加剧，加之全球变暖带来的极端气候现象频发，严重制约了小麦的生产。因此，提高小麦产量是保障全球粮食和营养安全的一项紧迫任务。

小麦产量主要由粒重、穗粒数和单位面积的穗数构成。小麦粒重主要由籽粒大小决定，而小麦籽粒大小又可以进一步分解为粒长、粒宽、粒厚等构成要素。小麦粒重主要受加性效应控制，遗传力高达59-92％，是受多基因控制的数量性状。研究表明，小麦粒长、粒宽与粒重呈极显著正相关。小麦粒长主要在籽粒发育前期形成，受环境影响较小。因此，挖掘小麦粒长相关QTL，并开发与其紧密连锁的分子标记对于增加小麦粒长、提高小麦产量具有重要意义，也是小麦育种的重要目标之一。

分子标记辅助选择(marker assisted selection MAS)是基于基因型的选择，不受外界环境因素的影响，被越来越广泛地应用于育种实践中。常用的分子标记类型有RFLP、AFLP、DArT、SSR等，但这些标记类型检测周期长、步骤繁琐、成本高，不易对育种后代材料进行大规模筛选。KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR)标记，即竞争性等位基因特异性PCR，是近年前发展起来的标记类型，它根据目标等位基因中包含的特定SNP(单碱基核苷酸多态性)或InDels(插入/缺失)设计引物，利用在引物末端加入不同的荧光集团，基于PCR终端荧光信号的读取判断对目标序列进行分型，具有准确性高、操作简单、鉴定高效、成本低的优点，并且能够实现高通量分析，极大地加快了分子标记辅助选择的进程，在作物育种中有着广阔的应用前景。因此，开发用于鉴定小麦多环境下增加籽粒长度的KASP标记，将为培育高产小麦品种提供有效的检测手段，对于确保小麦高产、稳产以及国家粮食安全和农业可持续发展具有十分重要的战略意义。

发明内容

本发明所要解决的一个技术问题是如何高通量鉴定或辅助鉴定小麦籽粒长度。

为了解决上述技术问题，本发明提供了下述A1-A3的任一种应用、A4的方法：

A1、检测小麦基因组中QTL qGL3B.1位点的多态性或基因型(即等位基因)的组合物在鉴定或辅助鉴定小麦籽粒长度中的应用；所述QTL qGL3B.1位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或A，为SEQ ID No.1第178位核苷酸；所述组合物包含所述PCR引物，所述PCR引物为P1或P2：

P1、所述PCR引物为由核苷酸序列是SEQ ID No.2的第22-43位单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.3的第22-43位的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.4的的单链DNA组成的引物组；

P2、所述PCR引物为由核苷酸序列是SEQ ID No.2的单链DNA、核苷酸序列是SEQIDNo.3的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.4的单链DNA组成的引物组。

A2、检测小麦基因组中QTL qGL3B.1位点的多态性或基因型(即等位基因)的组合物在制备鉴定或辅助鉴定小麦籽粒长度产品中的应用；所述QTL qGL3B.1位点是小麦基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或A，为SEQ ID No.1第178位核苷酸；所述组合物包含所述PCR引物，所述PCR引物为上述P1或上述P2。