[发明专利]基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统

权利要求书

1.基于超算互联网的RNA结构预测方法，其特征是，包括：

获取待预测的RNA序列；对待预测的RNA序列进行编辑；

对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；从RNA二级结构预测结果中进行文件提取，得到文件提取结果；

基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；

比较RNA三级结构预测结果与参考结构之间的差异，通过多个指标对差异进行衡量，选择最优的预测结构作为最终结构；

其中，对待预测的RNA序列进行编辑、进行RNA二级结构预测和进行RNA三级结构预测；均调度多个超算算力资源进行实现。

2.如权利要求1所述的基于超算互联网的RNA结构预测方法，其特征是，对待预测的RNA序列进行编辑；具体包括：

采用RNA序列编辑工具Edit Sequence，提取待编辑RNA序列中的某条链或者选中指定序列片段进行编辑，对选中部分片段进行重命名，交换和删除操作来实现；所述RNA序列编辑工具，被集成于Galaxy平台；

或者，

RNA序列编辑工具，接收用户提交的序列信息和工具操作需求，根据序列数据量大小、工具的运行命令和工具自身配置，分析用户所需资源需求如CPU数量和内存大小，并将资源需求申请和工具运行命令发送给超算互联网调度系统。

3.如权利要求1所述的基于超算互联网的RNA结构预测方法，其特征是，对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；具体包括：

采用RNA二级结构预测工具，对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；所述RNA二级结构预测工具，被集成于Galaxy平台；

或者，

所述RNA二级结构预测工具，被集成于Galaxy平台；具体集成过程包括：

创建新的RNA二级结构预测工具的xml文件，并在文件中指定工具ID、名称tool、工具描述description、输入参数inputs、输出参数outputs，运行命令command、测试用例tests以及工具依赖requirements；

修改工具模块配置文件tool_conf.xml，设置加载工具配置文件的本地路径，使集成的二级结构预测工具加载到web工具栏面板。

4.如权利要求1所述的基于超算互联网的RNA结构预测方法，其特征是，基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；具体包括：

基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，采用RNA三级结构预测工具，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；所述RNA三级结构预测工具，被集成于Galaxy平台；

或者，

所述RNA三级结构预测工具，被集成于Galaxy平台；具体集成过程包括：

创建新的RNA三级结构预测工具的xml文件，并在文件中指定工具ID、名称tool、工具描述description、输入参数inputs、输出参数outputs，运行命令command、测试用例tests以及工具依赖requirements；

修改工具模块配置文件tool_conf.xml，设置加载工具配置文件的本地路径，使集成的三级结构预测工具加载到web工具栏面板。

5.如权利要求1所述的基于超算互联网的RNA结构预测方法，其特征是，进行RNA三级结构预测，具体包括：

接收用户输入fasta格式的RNA序列并使用SimRNA工具进行RNA三级结构预测，通过解析将用户输入转化为调用SimRNA命令行：

将fasta格式的RNA序列作为命令-s的参数；

将二级结构信息作为命令-S参数；

若用户指定了迭代次数，则将迭代次数做为命令-n的参数；

分析SimRNA工具的配置文件，查找运行SimRNA需要的CPU核数；

将SimRNA需要的CPU核数作为资源需求，与SimRNA工具运行命令一同发送给超算互联网调度系统。