[发明专利]一种石棉相关疾病甲基化标记物的检测引物组合、试剂盒及扩增子测序文库的构建方法在审
| 申请号： | 202210284883.8 | 申请日： | 2022-03-22 |
| 公开（公告）号： | CN114507737A | 公开（公告）日： | 2022-05-17 |
| 发明（设计）人： | 冯玲芳;陈钧强;蒋兆强;楼建林;夏海玲;余珉;肖芸;张敏;刘佳琪 | 申请（专利权）人： | 杭州医学院 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886;C12Q1/6883;C12Q1/6869;C40B50/06;C12N15/11 |
| 代理公司： | 成都宏田知识产权代理事务所(普通合伙) 51337 | 代理人： | 常利敏 |
| 地址： | 310000 浙江*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 石棉 相关 疾病 甲基化 标记 检测 引物 组合 试剂盒 扩增 序文 构建 方法 | ||
1.一种石棉相关疾病甲基化标记物的检测引物组合，其特征在于，所述引物为针对目标片段和位点设计的甲基化特异性引物组合。
2.如权利要求1所述的一种石棉相关疾病甲基化标记物的检测引物组合，其特征在于，所述甲基化特异性引物组合如下表所示：
表1 试剂盒中包含的DNA甲基化扩增子测序引物组合物
简并碱基：R代表A/G，Y代表
C/T。
3.如权利要求2所述的一种石棉相关疾病甲基化标记物的检测引物组合，其特征在于，所述甲基化检测引物检测的CpG位点为下表所示的位点
DMR_ID chr13_99408200 chr16_89188699 chr20_61601521 chr3_60499552 chr1_230187874_230187959 chr2_208377538 chrX_9480080
。
4.一种试剂盒，所述试剂盒包括如权利要求2或3中所述的甲基化特异性引物组合。
5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括扩增目标片段和位点的DNA甲基化转化试剂和热启动高保真DNA聚合酶。
6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂包括核酸纯化试剂和DNA文库制备试剂。
7.一种石棉相关疾病DNA甲基化扩增子测序文库的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1：全基因组DNA提取
S101、选取石棉暴露大于等于10年的研究对象作为AE≥10y组，选取恶性胸膜间皮瘤病人作为MPM组，选择年龄、性别和吸烟饮酒史相匹配的对照人群作为Control组；
S102、采集上述三组研究对象的外周血样品，EDTA抗凝，提取全基因组DNA并进行合格性检测；
S2：设计DNA甲基化特异性引物
S201、根据差异甲基化片段/位点使用软件Methyl Primer Express v1.0和MethPrimer设计DNA甲基化特异性引物；
S202、并根据差异甲基化片段/位点在基因组上的位置信息和CG含量确定DNA甲基化扩增子测序检测区域，选择合适的引物；
S3：DNA甲基化扩增子测序
S301、DNA甲基化扩增子测序的方法在上述筛选的差异甲基化片段和位点中进行验证；
S302、根据上述的差异甲基化片段和位点设计特异性甲基化引物组合，并检测引物组合是否设计成功；
S303、PCR扩增；
S4：质检。
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