[发明专利]一种与凡纳滨对虾抗病性相关的LvFREP2基因上的SNP标记、检测引物及其应用

说明书

本发明公开了一种与凡纳滨对虾抗病性相关的LvFREP2基因上的SNP标记、检测引物及其应用。本发明公开的变异位点位于凡纳滨对虾LvFREP2基因的编码区，变异位点的碱基为C，变异位点的基因型为CC个体时，在弧菌感染情况下存活率较高。本发明还公开了用于检测该变异位点的引物组合及其育种应用方法。在凡纳滨对虾抗病育种工作中，可利用本发明公开的方法对后备亲本群体或者对选育家系进行筛选，及早排除在弧菌感染下易感个体，为快速选育凡纳滨对虾抗病优良品种奠定基础。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种与凡纳滨对虾抗病性相关的LvFREP2基因上的SNP标记、检测引物及其应用。

背景技术

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是最重要的养殖对虾，占所有养殖对虾总产量的80％以上(FAO,2020)。截止到2021年我国凡纳滨对虾的年苗种生产量1.56万亿尾，年养殖产量突破180万吨，凡纳滨对虾养殖产业已成为我国渔业发展的支柱性产业，良种扩繁对于凡纳滨对虾养殖业意义重大。

然而我国凡纳滨对虾的人工养殖长期受到以白斑综合症病毒(WSSV)为代表的多种病毒、以副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和哈氏弧菌(V.harveyi)为代表的多种细菌和以虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei)为代表的寄生虫严重困扰。近年来各类疾病的暴发给养殖业带来巨大的经济损。因此，进行抗病育种是我国凡纳滨对虾养殖产业可持续发展的迫切需求。

纤维蛋白原相关蛋白(fibrinogen-related proteins,FREP)，又称含纤维蛋白原样结构域免疫凝集素(fibrinogen-like domain immunolectins,FB)在脊椎动物和无脊椎动物中存在广泛，且作为模式识别蛋白参与机体內源免疫反应，该蛋白在细胞粘附，吞噬和包囊中都发挥重要作用。因此，本发明针对凡纳滨对虾LvFREP2基因开发与凡纳滨对虾抗病相关的SNP标记，为凡纳滨对虾抗病辅助选育优良分子标记，以此提高凡纳滨对虾抗病品种的选育效率。

发明内容

本发明旨在提供一种与凡纳滨对虾抗病性相关的LvFREP2基因上的SNP标记、检测引物及其应用。该分子标记可应用于凡纳滨对虾抗病性状的分子标记辅助选择育种，为抗病性状相关的SNP变异位点提供有用信息，从而提高凡纳滨对虾抗病优良品种的选育效率。

为了实现上述发明目的，本发明以攻毒之后死亡的和存活个体的凡纳滨对虾基因组DNA 为模板，通过设计引物、PCR扩增来检测这些模板和LvFREP2基因所包含的每一个SNP位点的基因型，最后通过关联分析，确定抗病相关的SNP标记，并提供SNP位点扩增引物，建立后备亲本群体或者备选家系分子选育的技术体系，为加快凡纳滨对虾抗病优良品种的选育奠定基础。

本发明的第一个目的是提供一种与凡纳滨对虾抗病性状相关的SNP标记，所述的SNP 标记位于SEQ ID NO.1所示序列，自5'端起第11位碱基处，碱基为C或T，用Y表示(C/T)。该变异位点的基因型与凡纳滨对虾在弧菌抗病性状显著相关。SEQ ID NO.1的碱基序列为：5'-GCTGGTGGTA(C/T)AACGTGTGTC-3'。

本发明的第二个目的是提供一种与凡纳滨对虾抗病性状相关的SNP标记的检测引物，包括以下引物：

KG-F：5'-TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGGAATATCATTTGTATGATGC-3'(如SEQ ID NO.2所示)；

KG-R：5'-CAGGAAACAGCTATGACCAGAGAGACGCGGAGAGAGG-3'(如SEQ ID NO. 3所示)。

本发明的第三个目的是提供鉴别所述的SNP标记的产品在制备凡纳滨对虾抗病能力检测的试剂中应用。

本发明的第四个目的是提供所述的SNP标记或所述的检测引物在制备凡纳滨对虾抗病能力检测试剂盒中的应用。