[发明专利]一种IKZF1基因外显子2-3多倍体检测试剂盒

说明书

本发明公开了一种IKZF1基因外显子2‑3多倍体检测试剂盒。KZF1基因外显子2‑3和RPPH1基因的检测引物和探针组，具体如下：IKZF1‑F：5’‑GTAAGCGATACTCCAGATGAGG‑3’；IKZF1‑R：5’‑CACGACTCTGTCACTCTTGG‑3’；IKZF1‑Probe：5’‑FAM‑CGATGAGCCCATGCCGATCCC‑BHQ1‑3’；RPPH1‑F：5’‑GGCGGATGCCTCCTTTG‑3’；RPPH1‑R：5’‑TACCTCACCTCAGCCATTGA‑3’；RPPH1‑Probe：5’‑HEX‑ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGTTC‑BHQ2‑3’。本发明采用的数字PCR IKZF1基因外显子2‑3多倍体检测方法，其特点为单管反应，同时对RPPH1基因和IKZF1外显子2‑3进行定量，通过二者比值判断IKZF1基因外显子是否存在多倍体，验操作简便，检测时间短，成本较低。

技术领域：

本发明属于数字PCR领域，具体涉及一种数字PCR法检测IKZF1基因外显子2-3多倍体试剂盒。

背景技术：

IKZF1基因编码一种具有锌指结构的转录因子蛋白，编码具有调控淋巴细胞生产功能的转录因子IKAROS，在正常骨髓、淋巴细胞、红细胞、巨核细胞等分化的不同阶段发挥重要作用，是造血系统的重要调节基因之一，在淋巴细胞的分化和发育过程中起着重要的调控作用。IKZF1基因突变是成人B细胞急性淋巴细胞白血病的预后不良因素，约30％的急性淋巴性白血病患者中可检测到IKZF1基因突变，多表现为部分外显子缺失，导致IKZF1蛋白功能异常，也有少数患者两条IKZF1基因完全缺失，导致IKZF1基因的表达阴性。由于IKZF1 基因外显子的可变剪切，目前临床常见的IKZF1突变具有13种转录本，表现为N端DNA结合区锌指结构不同程度的缺失，从而影响DNA的结合能力和转录活性。临床上可使用基因芯片、琼脂糖凝胶电泳等方法对IKZF1基因缺失型突变进行检测，作为治疗和预后评估的参考依据。近年来，临床中又发现除传统的IKZF1基因缺失外，部分患者还伴随有IKZF1基因染色体上基因外显子2和外显子3出现多个拷贝，同样提示患者预后不良，但目前常规的染色体核型分析和基因芯片方法均无法对此突变类型进行检测。

目前检测IKZF1基因突变的方法主要包括染色体核型分析、基因芯片杂交、PCR-琼脂糖凝胶电泳等，其中染色体核型分析分辨率较低，对小片段的重复序列和多倍体无法检出，基因芯片杂交需要对突变区域设计特异性探针，成本较高，PCR-琼脂糖凝胶电泳容易受到基因缺失和拷贝数变化影响，无法准确判断罕见的基因变化类型和多倍体数量。

发明内容：

本发明的目的在于提供一种特异性好、灵敏度高、成本较低的基于数字PCR方法的IKZF1 基因外显子2-3多倍体检测试剂盒。

本发明的第一个目的是提供IKZF1基因外显子2-3和RPPH1基因的检测引物和探针组，具体如下：

IKZF1-F：5’-GTAAGCGATACTCCAGATGAGG-3’；

IKZF1-R：5’-CACGACTCTGTCACTCTTGG-3’；

IKZF1-Probe：5’-FAM-CGATGAGCCCATGCCGATCCC-BHQ1-3’；

RPPH1-F：5’-GGCGGATGCCTCCTTTG-3’；

RPPH1-R：5’-TACCTCACCTCAGCCATTGA-3’；

RPPH1-Probe：5’-HEX-ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGTTC-BHQ2-3’。

本发明的第二个目的是提供基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2-3多倍体检测试剂盒，包括PCR预混液和上述特异性扩增IKZF1基因外显子2-3和RPPH1基因的检测引物和探针组。