[发明专利]斑叶稠李叶绿体基因组及在品种鉴定中的应用

权利要求书

1.斑叶稠李叶绿体基因组在鉴定斑叶稠李品种中的应用，其特征在于，斑叶稠李叶绿体基因组的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.权利要求1所述的斑叶稠李叶绿体基因组在重建樱亚属系统发育树中的应用。

3.一种斑叶稠李品种鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法包括：

(1)采用mCTAB法提取样品总DNA提取；

(2)对提取的总DNA进行双末端测序；

(3)叶绿体基因组拼接和组装；

(4)将组装好的样品叶绿体基因组核苷酸序列与斑叶稠李的叶绿体基因组核苷酸序列进行比对，当其相似指数达到99.9％以上时，才确定为斑叶稠李。

4.根据权利要求3所述的斑叶稠李品种鉴定方法，其特征在于，步骤(3)所述叶绿体基因组拼接和组装的方法具体为：

(1)利用SPAdes 3.6.1软件对高通量测序数据进行de novo组装，k-mer参数设置为95；

(2)基于已经公开发表的樱花叶绿体基因组序列作为参考序列，利用Sequencher软件从组装的数据中挑选出属于叶绿体基因组的片段，进行初步组装；

(3)利用Geneious软件，将初步组装的结果与原始序列进行比对，确定序列的位置，完成叶绿体基因组的拼接和组装，并进行人工校对；

(4)使用Plann和Sequin软件完成叶绿体基因组的注释和校对，从而获得完整的斑叶稠李叶绿体基因组，利用在线软件DOGMA绘制叶绿体基因组注释图。