[发明专利]一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂盒

说明书

本发明提供了一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂盒。本发明的用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂盒，具有如下技术效果：1.造价低廉，单个标本总体的试剂成本为12元。2.操作简便，结果判读清晰明了，通用试剂加上本发明的引物探针工作液即可上机检测，并能同时判断奥密克戎变异株BA.1型、BA.2型及其它奥密克戎型别感染，总体检测时间约为1.5小时。简单的操作流程，常规的荧光检测仪器设备，基层单位也可开展。3.灵敏度高，能够应用于环境标本检测。环境样本由于病毒载量低很难开展高通量测序，本发明的方法在对环境样本进行检测时也可定性至奥密克戎具体型别。

技术领域

本发明涉及一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂盒，属于生物技术领域。

背景技术

研究发现，相比野生株或其他VOC，奥密克戎变异株变异速度更快，目前已有BA.1、BA.2、BA.3及BA.1.1四种主要型别，在我国引起传播流行的主要是BA.1及BA.2型。新冠疫情出现时第一时间进行防控溯源已成为常态，然而病毒型别未知很难对其密接及来源进行有效判断，使得防控溯源比较被动。但目前主流的奥密克戎分型检测方法是高通量测序，经济成本高耗时长。同时很多基层检测单位没有高通量测序仪，难以第一时间开展奥密克戎分型的检测，耽误了宝贵的防控时间及防控策略的制定。

目前上市的奥密克戎分型荧光检测试剂盒针对特定的几个变异位点进行检测，且仅能检测一种基因型别，造价昂贵，操作复杂。

申请人于2022年2月22日提交了一个发明专利申请，专利申请号为“2022101630826”，专利名称为“一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒”。此发明中的引物探针组及试剂盒主要用于同时判断是否感染SARS-CoV-2及是否感染奥密克戎变异株，未涉及新冠病毒奥密克戎变异株的分型。

专利申请号为“202111618758.8”，名称为“检测SARS-CoV-2变异株的组合物、试剂盒、方法及其用途”的中国专利，提供了包含所述组合物的试剂盒，所述组合物的用途，以及用于检测SARS-CoV-2变异株并分型的方法。此专利中，其所表述的分型是指新冠病毒其它型别与奥密克戎型别的区分，即此专利可区分该变异株是否为奥密克戎型别，但是不能判定病毒是奥密克戎的哪个亚型。

发明内容

本发明的目的是克服现有技术的不足，提供一种用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组及试剂盒。

本发明的发明人设计了一种用于奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组，可同时检测SARS-CoV-2的两个基因片段(S基因及N基因)，分别是用于判断BA1感染及BA2感染的S基因，及用于判断奥密克戎变异株感染的N基因。所有用于检测的引物探针均是发明人自行设计的。Omicron-F引物位于全基因组的28316-28335核苷酸位点，Omicron-R引物位于全基因组的28435-28454核苷酸位点，Omicron-Probe引物位于全基因组的28362-28381核苷酸位点；BA1-F引物位于全基因组的22191-22211核苷酸位点，BA1-R引物位于全基因组的22327-22348核苷酸位点，BA1-Probe引物位于全基因组的22213-22234核苷酸位点；BA2-F引物位于全基因组的21583-21607核苷酸位点，BA2-R引物位于全基因组的21710-21733核苷酸位点，BA2-Probe引物位于全基因组的21620-21647核苷酸位点。

本发明中，用于新冠病毒奥密克戎变异株分型的多重荧光检测引物探针组，其核苷酸序列如下表所示：